高通量DNA測序數(shù)據(jù)的分布密度分析及其應(yīng)用.pdf

1、高通量測序技術(shù)可以在短時(shí)間內(nèi)完成全基因組深度測序,通過對(duì)個(gè)體的全基因組或組織細(xì)胞內(nèi)的全體mRNA進(jìn)行高通量測序得到的測序數(shù)據(jù)在參考基因組不同區(qū)域上的分布密度差異進(jìn)行分析,可以直接探究個(gè)體基因組序列異常和基因表達(dá)異常,這種診斷方法采樣方式簡單安全,對(duì)個(gè)體醫(yī)療的發(fā)展有著重要意義。這也為測序數(shù)據(jù)分布密度的精確分析和合理利用提出很高要求。
　　本文主要工作是設(shè)計(jì)出一種參考模板生成算法來生成更適用于分布密度分析的參考模板。然后對(duì)測序數(shù)據(jù)在該

2、參考模板上進(jìn)行比對(duì)得到的比對(duì)分布數(shù)據(jù)設(shè)計(jì)系列分析算法。比對(duì)分布密度分析算法一方面用于定量分布密度誤差,另一方面用于更好地掌握比對(duì)分布數(shù)據(jù)規(guī)律。本文最后在此基礎(chǔ)上針對(duì)胎兒染色體數(shù)目異常方面的應(yīng)用設(shè)計(jì)了一個(gè)經(jīng)過改進(jìn)的產(chǎn)前診斷系統(tǒng)。
　　在本論文中,先是提出一種參考模板生成算法,用該算法生成參考模板,通過去重復(fù)來提高測序數(shù)據(jù)在參考模板上的比對(duì)速度,并且可以保證測序數(shù)據(jù)的比對(duì)數(shù)量和比對(duì)分布密度的精度。之后,本論文對(duì)比對(duì)分布密度展開系統(tǒng)分析

3、。一方面,本論文用不同的GC含量偏差模型來分析GC含量對(duì)比對(duì)分布密度的影響,用于確定準(zhǔn)確反映數(shù)據(jù)規(guī)律的GC含量偏差模型和最佳參數(shù),進(jìn)而構(gòu)建GC含量偏差校正模型,以消除GC含量對(duì)比對(duì)分布密度帶來的偏差。另一方面,本論文致力于對(duì)不同樣本的染色體表達(dá)率進(jìn)行一系列分析,在分析樣本在不同染色體上所呈現(xiàn)出的表達(dá)率差異基礎(chǔ)上,分析胎兒性別不同和處于不同孕期的母體血漿DNA測序數(shù)據(jù)在人類染色體組上的表達(dá)率差異,闡明胎兒性別和所處孕期對(duì)樣本測序數(shù)據(jù)的染色