基于MapReduce的模體發(fā)現(xiàn)問題算法研究.pdf

1、模體發(fā)現(xiàn)問題是生物信息學(xué)中的核心問題之一，它對于研究基因表達(dá)的調(diào)控機(jī)制有著極為重要的生物學(xué)意義。植入(l,d)模體發(fā)現(xiàn)問題是其中一種非常重要的模型，但這一問題是NP難解的，要解決該問題往往要涉及巨大的計(jì)算量，因此，利用并行化的方式對問題進(jìn)行求解就成為一個(gè)十分有效的選擇。
　　本文將MapReduce并行編程模型引入模體發(fā)現(xiàn)問題領(lǐng)域，用于解決該問題中計(jì)算復(fù)雜度高的難題。MapReduce模型使得用戶可以更加專注于求解的問題本身，它將

2、用戶的問題分解為兩個(gè)模塊Map和Reduce，而問題的并行化計(jì)算、任務(wù)調(diào)度、節(jié)點(diǎn)通信等問題都由部署在大規(guī)模集群上的系統(tǒng)來完成。
　　在充分分析植入(l,d)模體發(fā)現(xiàn)問題的基礎(chǔ)上，本文結(jié)合MapReduce編程模型的特點(diǎn)，設(shè)計(jì)出了一種十分有效的并行算法—PMSPMR算法。在設(shè)計(jì)PMSPMR算法時(shí)必須要考慮數(shù)據(jù)的劃分，不同的數(shù)據(jù)劃分方法，對于算法的實(shí)現(xiàn)有著較大影響，本文中對各種可能的算法設(shè)計(jì)方法進(jìn)行了詳細(xì)描述，經(jīng)過充分的分析，設(shè)計(jì)出了