一種基于統(tǒng)計的生物網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法.pdf

1、隨著2003年人類基因組計劃的完成,生物信息學(xué)的研究已經(jīng)進(jìn)入后基因組學(xué)時代,基因組信息學(xué)研究重心開始從揭示生命的所有遺傳信息轉(zhuǎn)移到從分子整體水平上對基因功能的研究,從整體水平上反應(yīng)著基因功能的生物網(wǎng)絡(luò)成為研究的重點?；蚪M學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)中的高通量方法為我們提供了大量的生物網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù),最典型的是基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)。目前生物信息學(xué)研究面臨的一個主要挑戰(zhàn)就是從這些生物網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)中解讀出生物功能,網(wǎng)絡(luò)模體是一種在給定網(wǎng)絡(luò)中頻繁出

2、現(xiàn)的連通子圖,一些網(wǎng)絡(luò)模體已經(jīng)被證明是基因調(diào)控網(wǎng)和蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)中的基本生物功能模塊。
　　本文在分析已有生物網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法的基礎(chǔ)上,提出了一種基于統(tǒng)計模型的生物網(wǎng)絡(luò)模體發(fā)現(xiàn)算法,并在統(tǒng)計模型的基礎(chǔ)上建立了一個反應(yīng)網(wǎng)絡(luò)模體統(tǒng)計意義的得分函數(shù),在該算法中我們首先利用一個高效的非樹形子圖挖掘算法ESN挖掘網(wǎng)絡(luò)中所有規(guī)定大小的非樹形子圖,然后根據(jù)非樹形子圖和得分函數(shù)求得網(wǎng)絡(luò)模體。對大腸桿菌、酵母基因調(diào)控網(wǎng)和人類的信號傳導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)等真實