介觀耗散粒子動力學模擬程序并行化與性能優(yōu)化.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、耗散粒子動力學計算(dissipative particle dynamics,DPD)是一種介于原子尺度與介觀范圍內(nèi)的模擬方法。該模擬方法應用范圍廣泛,能夠有效探討分子的堆積與分散問題,不但可以涵蓋更多的粒子體系,而且可以研究較長時間內(nèi)系統(tǒng)粒子的運動行為。但是串行方式的計算機模擬無法有效應對模擬體系不斷增大、體系復雜度不斷增加的狀況。
　　 本文簡明扼要地介紹了分子模擬與并行計算的研究背景,較為全面地介紹了耗散粒子動力學模擬的

2、基本理論和計算方法,重點闡述了基于空間域分解的串行模擬程序的并行化算法,并引入了相鄰單元格列表構(gòu)建和重疊劃分等方法,有效解決了模擬體系中的周期性邊界和作用力截斷距離等問題。最后,借助于MPI對并行算法加以實現(xiàn),并在搭載有SGE(Sun GridEngine)的高性能集群平臺上完成多種條件下的模擬測試,結(jié)果表明并行算法不僅能夠大幅縮短計算時間,而且適用于更大的模擬體系。
　　 同時,本文介紹了潤濕現(xiàn)象的背景知識和相關(guān)的基本理論,并

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