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1、作為當(dāng)今計(jì)算機(jī)發(fā)展炙手可熱的技術(shù),并行計(jì)算及以其為基礎(chǔ)的云計(jì)算已經(jīng)成為了解決大數(shù)據(jù)量,復(fù)雜運(yùn)算問題的首選方法,越來越多的應(yīng)用被從單機(jī)搬到了云端。并行計(jì)算的發(fā)展使得我們能更好的整合計(jì)算和存儲(chǔ)資源,擴(kuò)大系統(tǒng)的計(jì)算和存儲(chǔ)能力。耗散粒子動(dòng)力學(xué)(Dissipative Particle Dynamics,DPD)是一種基于介觀體系的分子模擬方法。如今,DPD已經(jīng)被廣泛應(yīng)用到高分子化學(xué)、生命科學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域的研究中。但DPD所模擬的問題大多是大規(guī)模的
2、,完成一個(gè)普通的DPD模擬一般都要消耗大量的時(shí)間。為了有效的縮短DPD模擬的計(jì)算時(shí)間,本文將并行計(jì)算和DPD進(jìn)行了結(jié)合,提出了耗散粒子動(dòng)力學(xué)的平衡并行算法(BPDPD),經(jīng)高性能計(jì)算集群上的實(shí)際測(cè)試,不但能有效的縮短DPD的計(jì)算時(shí)間,還能很好的平衡各計(jì)算節(jié)點(diǎn)間的負(fù)載,并減少計(jì)算節(jié)點(diǎn)間消息傳遞的信息量。
本文首先對(duì)DPD的基本原理以及并行計(jì)算的理論與實(shí)現(xiàn)做了簡(jiǎn)要的介紹,隨后詳細(xì)說明了耗散粒子動(dòng)力學(xué)模擬的平衡并行算法,及其實(shí)現(xiàn)
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