基于基因的生物信息融合系統(tǒng)的設(shè)計(jì)與實(shí)現(xiàn).pdf

1、隨著生物研究技術(shù)的快速發(fā)展，生物信息數(shù)據(jù)量呈爆炸式速度增長(zhǎng)，如何從海量的數(shù)據(jù)中獲取研究所需數(shù)據(jù)，成為了生物研究的重要需求。目前，大多數(shù)的生物信息檢索系統(tǒng)提供的是單一層面，基因或者蛋白質(zhì)層面的檢索功能，由于生物信息之間關(guān)系復(fù)雜，單一的關(guān)系不能全面的表達(dá)生物信息之間的關(guān)系，因此，將生物信息之間不同層面關(guān)系進(jìn)行融合的需求由此產(chǎn)生。
　　本文設(shè)計(jì)并實(shí)現(xiàn)了一個(gè)基于基因的生物信息融合系統(tǒng)。本系統(tǒng)從不同研究組織處獲取生物信息間不同類(lèi)型的關(guān)系數(shù)據(jù)

2、，以基因?yàn)闃蛄簩?duì)其進(jìn)行分析處理，生成基于基因的生物信息網(wǎng)狀關(guān)系圖，并提供檢索功能，將檢索結(jié)果以表格，可視化網(wǎng)絡(luò)等形式呈現(xiàn)給用戶(hù)。本系統(tǒng)采用LAMP技術(shù)架構(gòu)，首先通過(guò)FTP協(xié)議獲取并定時(shí)更新數(shù)據(jù)源文件，對(duì)文件進(jìn)行解析處理形成網(wǎng)狀數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)之后進(jìn)行持久化存儲(chǔ)；然后使用全文檢索工具Lucene對(duì)其進(jìn)行索引的創(chuàng)建和管理，并使用Apache Solr提供索引檢索功能，在用戶(hù)搜索的過(guò)程中，對(duì)搜索結(jié)果進(jìn)行memcached緩存處理，這樣一方面減輕了服務(wù)