功能性消化不良患者與健康人群胃內(nèi)細(xì)菌基因組的分析研究.pdf

1、目的:探討功能性消化不良患者(FD)與健康人群(HC)胃內(nèi)細(xì)菌的基因組情況,分析和比較兩組人群之間胃粘膜相關(guān)菌群結(jié)構(gòu)是否存在差異。為FD的發(fā)病機(jī)制找出可能的微生物影響因素。
　　方法:依據(jù)羅馬III功能性消化不良標(biāo)準(zhǔn)納入FD病人(n=30例),對(duì)照納入健康人(n=30例),以上納入人群在內(nèi)鏡下胃粘膜均為正常表現(xiàn),且C13呼氣試驗(yàn)、快速尿素酶、病理均證實(shí)無(wú)幽門(mén)螺桿菌(Hp)感染,內(nèi)鏡下活檢獲取正常胃粘膜標(biāo)本2塊(胃竇、胃體各1塊),

2、置于-80℃冰箱保存。采用QIAamp DNA分離試劑盒聯(lián)合珠打法提取粘膜細(xì)菌總DNA,擴(kuò)增目標(biāo)16S rDNA片段,混樣、純化、建庫(kù)后完成上機(jī)準(zhǔn)備。Miseq測(cè)序儀(Illumina)對(duì)V4區(qū)域文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序,原始序列經(jīng)去除引物、標(biāo)簽后,FLASH數(shù)據(jù)包拼接小讀長(zhǎng)片段,QIIME軟件包過(guò)濾低質(zhì)序列,分配各序列至運(yùn)算分類(lèi)單位(OTUs)。應(yīng)用RDP軟件將每個(gè)OTUs最長(zhǎng)片段與數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)搜索,構(gòu)建物種注釋信息。評(píng)估樣品α多樣性指數(shù)(ra

3、refraction、chao1、shannon)并繪制相應(yīng)曲線,比較不同樣本物種豐度和取樣合理性。評(píng)估樣品β多樣性指數(shù),依據(jù)加權(quán)和非加權(quán)unifrac距離進(jìn)行主坐標(biāo)分析(PcoA)和算術(shù)平均組對(duì)聚類(lèi)分析(UPGMA),檢測(cè)不同組間在物種構(gòu)成多樣性上的差異。
　　結(jié)果:FD組和HC組經(jīng)質(zhì)控后平均每個(gè)樣品序列數(shù)為28262條和30261條。分配到種水平上的平均OTUs在兩組中分別為271±72、293±88;chao1為290±89

4、、319±108;shannon為4.57±1.19、5.03±1.29,以上兩組指數(shù)間比較均無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(p>0.05)。在門(mén)水平上,FD組在門(mén)水平共有17類(lèi)豐度大于0.01％門(mén)類(lèi),前五位依次為Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria, Crenarchaeota,前三名在所有樣品中均存在,而HC共有17類(lèi)豐度大于0.01%優(yōu)勢(shì)門(mén)類(lèi),前二名在所有樣品中均存在。與HC組

5、比較,FD組proteobacteria、Fusobacteria相對(duì)豐度升高,而Nitrospirae下降。在屬水平上,FD組豐度大于1%的優(yōu)勢(shì)屬為Acinetobacter,Corynebacterium, Streptococcus, Prevotella, Neisseria。HC組則為Acinetobacter, Corynebacterium, Bacteroides,Helicobacter,Rubrobacter,Str

6、eptococcus,Candidatus Nitrososphaera。在兩組豐度高于0.1%的58個(gè)屬中,FD組有5個(gè)屬較HC組相對(duì)豐度增加,3個(gè)屬相應(yīng)豐度下降?；赑CA和UPGMA聚類(lèi)的Beta多樣性分析可知,FD和HC兩組間同一解剖部位菌群有部分聚類(lèi),但均存在明顯交疊現(xiàn)象。而對(duì)同一組人群的兩個(gè)解剖部位菌群分析可知,部分人的胃體和胃竇樣品存在聚類(lèi)現(xiàn)象或交疊現(xiàn)象。
　　結(jié)論:
　　1、功能性消化不良和健康人群胃粘膜菌群