細粒棘球絳蟲原頭蚴mRNA測序及表達譜分析.pdf

1、目的：通過對細粒棘球絳蟲原頭蚴的mRNA的測序及表達譜分析,初步建立起細粒棘球絳蟲原頭蚴的表達譜數(shù)據(jù)庫,了解細粒棘球絳蟲原頭蚴基因表達及蛋白構(gòu)成情況,為全面了解細粒棘球絳蟲原頭蚴生物學(xué)特征及寄生蟲與宿主之間的關(guān)系奠定基礎(chǔ)并為新的診斷方法、篩選新的藥物靶點和疫苗候選分子選擇提供理論依據(jù)。
　　方法：1.樣本制備:用TRIZOL法提取人源細粒棘球絳蟲原頭蚴的總RNA;2.Illumina的solexa測序平臺對RNA進行測序:○1全轉(zhuǎn)

2、錄組RNA片段化包括用oligo(dT)富集poly(A)RNA,對RNA進行片段化及純化操作,分析片段化RNA的產(chǎn)量及片段大小分布○2擴增文庫的建立包括反轉(zhuǎn)錄及純化cDNA,cDNA擴增,片段大小選擇,純化,分析擴增后DNA產(chǎn)量及片段大小的分布,○3Solexasystem模板制備及測序○4測序的結(jié)果通過去雜處理后進行從頭拼接獲得unigene。3.獲得的unigene通過與NCBI的非冗余數(shù)據(jù)庫,GO數(shù)據(jù)庫及KEGG數(shù)據(jù)庫的比對進行

3、注釋及代謝通路分析。
　　結(jié)果：1.提取的總RNA使用核酸蛋白定量儀所得的OD260/OD280為1.81,濃度為42.75μg/μl,總質(zhì)量超過200μg符合測序要求。
　　2.測序結(jié)果去雜后得到2G數(shù)據(jù),通過從頭拼接我們得到18569個contig,這些contig的總長度為71329bp,contig平均長度為384bp,最小的contig長度為201bp,最大contig長度為4618bp,N50(覆蓋50％所有核苷

4、酸的最大序列重疊群的長度)為384bp。預(yù)測得到unigene為9029條
　　3.我們將這9029條基因與NCBI的nr數(shù)據(jù)庫做blast比對,最終有7441條unigene具有同源比對信息。根據(jù)GO分析可以發(fā)現(xiàn),共有10550條unigene與數(shù)據(jù)庫中的基因有較高同源性,且較多的unigene可以與多條基因相對應(yīng),一共建立了10550條對應(yīng)關(guān)系。通過與KEGG數(shù)據(jù)庫進行比對分析,細粒棘球絳蟲原頭蚴的轉(zhuǎn)錄組中有4731條unig

5、ene得到注釋,這4731個得到注釋的基因位于241條代謝通路中,這些代謝通路分別與代謝過程,基因信息過程,環(huán)境相關(guān)過程,細胞過程及與人類疾病相關(guān)
　　結(jié)論：1.總結(jié)出一套適合細粒棘球絳蟲原頭蚴的總RNA提取方法2.完成對細粒棘球絳蟲原頭蚴的mRNA的測序,建立中國細粒棘球絳蟲原頭蚴的表達譜數(shù)據(jù)庫3.完成對細粒棘球絳蟲原頭蚴的表達譜的分析,對獲取的數(shù)據(jù)用生物信息學(xué)的方法完成基因注釋及功能分類。4完成了對原頭蚴相關(guān)代謝途徑的初步分析