細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴mRNA測(cè)序及表達(dá)譜分析.pdf

1、目的：通過(guò)對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的mRNA的測(cè)序及表達(dá)譜分析,初步建立起細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù),了解細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴基因表達(dá)及蛋白構(gòu)成情況,為全面了解細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴生物學(xué)特征及寄生蟲(chóng)與宿主之間的關(guān)系奠定基礎(chǔ)并為新的診斷方法、篩選新的藥物靶點(diǎn)和疫苗候選分子選擇提供理論依據(jù)。
　　方法：1.樣本制備:用TRIZOL法提取人源細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的總RNA;2.Illumina的solexa測(cè)序平臺(tái)對(duì)RNA進(jìn)行測(cè)序:○1全轉(zhuǎn)

2、錄組RNA片段化包括用oligo(dT)富集poly(A)RNA,對(duì)RNA進(jìn)行片段化及純化操作,分析片段化RNA的產(chǎn)量及片段大小分布○2擴(kuò)增文庫(kù)的建立包括反轉(zhuǎn)錄及純化cDNA,cDNA擴(kuò)增,片段大小選擇,純化,分析擴(kuò)增后DNA產(chǎn)量及片段大小的分布,○3Solexasystem模板制備及測(cè)序○4測(cè)序的結(jié)果通過(guò)去雜處理后進(jìn)行從頭拼接獲得unigene。3.獲得的unigene通過(guò)與NCBI的非冗余數(shù)據(jù)庫(kù),GO數(shù)據(jù)庫(kù)及KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)進(jìn)行

3、注釋及代謝通路分析。
　　結(jié)果：1.提取的總RNA使用核酸蛋白定量?jī)x所得的OD260/OD280為1.81,濃度為42.75μg/μl,總質(zhì)量超過(guò)200μg符合測(cè)序要求。
　　2.測(cè)序結(jié)果去雜后得到2G數(shù)據(jù),通過(guò)從頭拼接我們得到18569個(gè)contig,這些contig的總長(zhǎng)度為71329bp,contig平均長(zhǎng)度為384bp,最小的contig長(zhǎng)度為201bp,最大contig長(zhǎng)度為4618bp,N50(覆蓋50％所有核苷

4、酸的最大序列重疊群的長(zhǎng)度)為384bp。預(yù)測(cè)得到unigene為9029條
　　3.我們將這9029條基因與NCBI的nr數(shù)據(jù)庫(kù)做blast比對(duì),最終有7441條unigene具有同源比對(duì)信息。根據(jù)GO分析可以發(fā)現(xiàn),共有10550條unigene與數(shù)據(jù)庫(kù)中的基因有較高同源性,且較多的unigene可以與多條基因相對(duì)應(yīng),一共建立了10550條對(duì)應(yīng)關(guān)系。通過(guò)與KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)分析,細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的轉(zhuǎn)錄組中有4731條unig

5、ene得到注釋,這4731個(gè)得到注釋的基因位于241條代謝通路中,這些代謝通路分別與代謝過(guò)程,基因信息過(guò)程,環(huán)境相關(guān)過(guò)程,細(xì)胞過(guò)程及與人類疾病相關(guān)
　　結(jié)論：1.總結(jié)出一套適合細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的總RNA提取方法2.完成對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的mRNA的測(cè)序,建立中國(guó)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫(kù)3.完成對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲(chóng)原頭蚴的表達(dá)譜的分析,對(duì)獲取的數(shù)據(jù)用生物信息學(xué)的方法完成基因注釋及功能分類。4完成了對(duì)原頭蚴相關(guān)代謝途徑的初步分析