陸川豬皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測序及毛色決定分子機制初步分析.pdf

1、為探討黑白花陸川豬皮膚毛色形成的分子機制，應用高通量測序技術對廣西本地豬同一頭陸川豬黑色和白色皮膚組織進行了轉(zhuǎn)錄組測序，分別獲得了35201618和31171136條讀段序列，其中唯一定位于豬參考基因組（Sscrofa10.2版本）分別占總讀段數(shù)的74.9％、73.6％。經(jīng)堿基測序錯誤率分布檢查、表達標簽測序質(zhì)量均值的分布峰值分析、ATGC含量分布檢查、測序時序列長度的分布檢查及對豬參考基因組定位檢測，顯示測序數(shù)據(jù)質(zhì)量較高，基因飽和度分

2、析顯示曲線斜率接近于0，說明數(shù)據(jù)接近于飽和，可用于分析基因的表達模式。
　　對獲得的黑色皮膚組織和白色皮膚組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行拼接和系統(tǒng)的生物信息分析。多樣品差異表達基因分析可知黑色皮膚相對于白色皮膚有7個基因表達顯著上調(diào)，包括:TYRPI(酪氨酸酶相關蛋白1)，DCT（即TYRP2，酪氨酸酶相關蛋白2），TRPMI（瞬時受體勢M亞基1），KRT35，LOC100524022以及兩個新基因（知道基因長度和編碼的蛋白，但功能注釋不全）

3、。其中TYRP1，TRPM1只在Ctrl-Hei中表達（log2FC得分分別為11.15，9.51），其次是DCT，它在黑色皮膚組織中的表達量是Ctrl-Bai中的表達量是25.67倍。再次就是兩個編碼角蛋白的基因KRT35，LOC100524022。黑色皮膚相對于白色皮膚組織有8個基因表達顯著下調(diào)，包括S100A7，SI00A8，SI00AI2，SI00A9，C14H10orf99，ARG1，LOCI00738912和MMP1。他們的

4、log2FC均在4和6之間，其基因的功能主要包括四個鈣結合蛋白S100A7，S100A8，SI00AI2和SI00A9，一個基質(zhì)金屬蛋白酶（MMP1），一個精氨酸酶(ARG1)。對表達差異基因進行GO分析顯示，在黑色皮膚中表達上調(diào)的基因LOCI00524022，LOC100622023，LOCI00519107，KRT74和LOC106504189顯著富集(p=0.0008)于角蛋白，因而推測黑色皮膚和白色皮膚所使用的角蛋白有所不同。差