白沙蒿轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、分析及內(nèi)參基因的鑒定和篩選.pdf

1、白沙蒿（Artemisia sphaerocephala），菊科蒿屬多年生半灌木，是中國(guó)西北荒漠區(qū)移動(dòng)或半移動(dòng)沙丘先鋒物種，對(duì)極端環(huán)境具有良好的適應(yīng)能力。此外，白沙蒿種子具有出色的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值，其富含脂類、多糖，是一種極具潛質(zhì)的生物質(zhì)能源。然而，由于基因信息的缺乏，白沙蒿相關(guān)性狀形成及其對(duì)環(huán)境適應(yīng)的生物學(xué)機(jī)制還不為人們所知，同時(shí)也限制了人們對(duì)其遺傳資源的開(kāi)發(fā)與利用。本文首次對(duì)白沙蒿進(jìn)行深度轉(zhuǎn)錄組測(cè)序。選取內(nèi)蒙古阿拉善左旗沙地自然分布的白沙蒿

2、根、莖、葉、花、果實(shí)和實(shí)驗(yàn)室萌發(fā)3、7天的種子、幼苗以及高溫、低溫、鹽、滲透脅迫（-1.7和-0.7Mpa）處理以及對(duì)照6種愈傷組織等共計(jì)17份材料，以獲得最大化完整轉(zhuǎn)錄本。同時(shí)，為了提高實(shí)時(shí)熒光定量 PCR技術(shù)對(duì)白沙蒿基因表達(dá)的準(zhǔn)確性，基于白沙蒿轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果，選取21個(gè)候選內(nèi)參基因通過(guò)RT-qPCR技術(shù)對(duì)21個(gè)候選內(nèi)參基因在營(yíng)養(yǎng)階段、生殖階段、種子發(fā)育階段、脅迫處理?xiàng)l件下和所有樣本中的表達(dá)水平進(jìn)行檢測(cè)，并且使用 GeNorm、Nor

3、mFinder、和BestKeeper計(jì)算候選內(nèi)參穩(wěn)定值。得到以下幾點(diǎn)主要結(jié)論：
　　1.使用Illumian HiSeq2500平臺(tái)共獲得46,831,604 reads(9.46Gb)，用 Trinity程序?qū)Ω哔|(zhì)量clean reads進(jìn)行de nove組裝，共產(chǎn)生了137,060 transcripts。對(duì)transcripts進(jìn)一步組裝分析，最終獲得68,373 unigenes，其平均長(zhǎng)度為692.76nt。N50長(zhǎng)度

4、為1161nt，其中58.7％的unigene得到能夠注釋。
　　2.分析獲得不飽和脂肪酸合成途徑中的關(guān)鍵調(diào)控基因，白沙蒿中發(fā)現(xiàn)26個(gè)fad2、3個(gè)fad3、1個(gè)fad6和9個(gè)fad7/8，并且構(gòu)建了fad2系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。白沙蒿fad2基因構(gòu)成了目前有報(bào)道以來(lái)植物中最大的一個(gè)fad2基因家族。
　　3.白沙蒿轉(zhuǎn)錄組分析發(fā)現(xiàn)一系列響應(yīng)極端溫度、鹽、干旱及復(fù)合脅迫的基因，表明白沙蒿對(duì)其生境的適應(yīng)機(jī)制可能與這些基因的調(diào)控作用有關(guān)。<

5、br>　　4.綜合GeNorm、NormFinder和BestKeeper計(jì)算結(jié)果，在營(yíng)養(yǎng)階段：UBC9和Actin可作為最適內(nèi)參基因；在生殖階段：UBC9和PTB可作為最適內(nèi)參基因；在種子發(fā)育階段：UBC和PTB可作為最適內(nèi)參基因；在脅迫處理?xiàng)l件下：Clathrin adaptor complex subunit和 Expressed4可作為最適內(nèi)參基因；在全部樣本中：UBC9和TIP41-like可作為最適內(nèi)參基因。
　　本文