長江三角洲白山羊GDF-9基因第一、第二外顯子序列多態(tài)及生物信息學(xué)分析.pdf

1、生長分化因子9(growth differentiation factor9，GDF-9)是一種種屬特異性生長因子，由卵母細(xì)胞分泌，能維持卵泡的正常生長和卵母細(xì)胞的發(fā)育，并在排卵周期的后期促進(jìn)黃體的形成。本試驗(yàn)采用PCR-SSCP技術(shù)，將GDF-9基因作為目的基因，對長江三角洲白山羊、黃淮山羊以及波爾山羊187只個體進(jìn)行多態(tài)性檢測，分析山羊GDF-9基因兩個外顯子區(qū)的遺傳多樣性，并分析了各多態(tài)位點(diǎn)與山羊繁殖性狀之間的關(guān)系，探討調(diào)控山羊繁

2、殖力的基因位點(diǎn)，為長江三角洲白山羊的選育和保種提供理論基礎(chǔ)。在此基礎(chǔ)上，進(jìn)一步利用生物信息學(xué)軟件對GDF-9基因的氨基酸組成、序列的特征進(jìn)行了分析，并進(jìn)行了結(jié)構(gòu)和功能的預(yù)測。研究結(jié)果如下： 1.山羊GDF-9基因第1、第2外顯子的PCR-SSCP分析 對6個擴(kuò)增片斷進(jìn)行PCR-SSCP分析，在其中的三個擴(kuò)增片斷上發(fā)現(xiàn)了突變。其中，引物2擴(kuò)增片斷出現(xiàn)3種基因型( AA，AB，BB)；引物5擴(kuò)增片斷出現(xiàn)4種基因型(CC，CD

3、，DD，CE)；引物6擴(kuò)增片斷也出現(xiàn)4種基因型(GG，GH，HH，GI)。測序結(jié)果表明：第1外顯子存在1處突變，是183 bp處C→A，但未引起氨基酸改變；第2外顯子存在4處突變，分別是421bp處C→T，該處突變導(dǎo)致了丙氨酸→纈氨酸的改變；562 bp處A→C；該處突變導(dǎo)致了谷氨酰胺→脯氨酸的改變；791bp處G→A，為沉默突變；792 bp處G→A，該處突變導(dǎo)致了纈氨酸→異亮氨酸的改變。 2.GDF-9基因群體遺傳學(xué)分析及與

4、長江三角洲白山羊繁殖性能的關(guān)系 群體遺傳學(xué)分析表明：對于片斷2，三個山羊品種都出現(xiàn)AA、AB和BB3種基因型，其中長江三角洲白山羊AB基因型個體占多數(shù)，黃淮山羊和波爾山羊都是AA基因型個體占多數(shù)，三個山羊品種都是A為優(yōu)勢等位基因。對于片斷5，三個山羊品種都出現(xiàn)CC、CD和DD3種基因型，唯獨(dú)長江三角洲白山羊還出現(xiàn)了CE基因型。其中黃淮山羊和波爾山羊主要是CC純合基因型個體，三個山羊品種都是C為優(yōu)勢等位基因。對于片斷6，三個山羊品

5、種都出現(xiàn)GG和GH2種基因型，黃淮山羊還出現(xiàn)HH基因型，長江三角洲白山羊及波爾山羊還出現(xiàn)GI基因型。其中長江三角洲白山羊和波爾山羊主要是GG純合基因型個體，黃淮山羊則是GH基因型個體占多數(shù)，三個山羊品種都是G為優(yōu)勢等位基因。群體平衡檢測發(fā)現(xiàn)，山羊GDF-9基因片斷5和6在三個品種中的X2值都未達(dá)到顯著水平，處于Hardy-Weinberg平衡狀態(tài)(P>0.05)，說明GDF-9基因這兩個位點(diǎn)不受人工選育的影響.而在外顯子1的片斷2，長江

6、三角洲白山羊和黃淮山羊處于平衡狀態(tài)，波爾山羊的X2值達(dá)到顯著水平，估計是樣本數(shù)較少導(dǎo)致的。 各多態(tài)位點(diǎn)與長江三角洲白山羊產(chǎn)羔數(shù)的最小二乘分析表明：對于片斷2，產(chǎn)羔數(shù)最小二乘均值在各基因型間沒有顯著差異；對于片斷5，AA基因型產(chǎn)羔數(shù)最小二乘均值比AB基因型的多0.054只(P<0.05)，BB基因型比AB基因型多0.167只(P<0.01)，產(chǎn)羔數(shù)最小二乘均值在AA基因型和BB基因型之間沒有顯著差異(P>0.05)；對于片斷6，產(chǎn)