蕓薹屬A、C基因組及擬南芥BnMs候選基因區(qū)共線性比較.pdf

1、本文以甘藍(lán)型油菜細(xì)胞核雄性不育系S45A的隱性重疊基因BnMs1在擬南芥上的同源區(qū)序列信息為基礎(chǔ)，通過設(shè)計ACGM引物，分析了擬南芥BnMs1基因同源區(qū)在蕓薹屬A、C基因組中的分布及拷貝，并進(jìn)一步在序列水平上探討了蕓薹屬A、C基因組及擬南芥.BnMs候選基因區(qū)域的微觀共線性。因Bnms1，Bnms2的功能相同，本研究也能為Bnms2基因的定位及克隆提供理論依據(jù)和幫助。主要結(jié)果如下： 1.根據(jù)BnMs1在擬南芥上的同源區(qū)序列信息共

2、設(shè)計了25對.ACGM引物，其中24對引物在親本及擬南芥基因組中均能擴(kuò)增出清晰、明亮的帶型。用6％變性PAGE膠與1％的瓊脂糖凝膠檢測分析后，在Q2×No.2127-17DH作圖群體上獲得4個ACGId，在TNDH作圖群體獲得8個ACGM，這些標(biāo)記分別位于甘藍(lán)型油菜N2、N7和N16連鎖群。 2.利用設(shè)計的25對ACGM引物，篩選S4516 AB近等基因系(BnMs2-Bnms2)，得到兩個緊密連鎖的標(biāo)記B4(Yao)和A2，標(biāo)

3、記A2與基因共分離，標(biāo)記B4(Yao)是基因一側(cè)的最近標(biāo)記，遺傳距離為0.038cM。 3.用引物B4(Yao)篩選甘藍(lán)和甘藍(lán)型油菜基因組BAC文庫，得到陽性克隆，用BnMs2基因另一側(cè)標(biāo)記及測序驗(yàn)證，確定BnMs2基因在甘藍(lán)和甘藍(lán)型油菜中的候選BAC克隆。 4.針對候選克隆BnMs候選基因區(qū)測序，在甘藍(lán)候選：BAC克隆中得到9.8K的序列，在甘藍(lán)型油菜C基因組候選克隆中得到9.6K的序列。 5．以擬南芥BnMs

4、候選基因區(qū)序列為參照，對白菜、甘藍(lán)型油菜的A基因組及甘藍(lán)、甘藍(lán)型油菜的C基因組中的BnMs候選基因區(qū)序列進(jìn)行分析比對。結(jié)果表明：擬南芥BnMs候選基因區(qū)基因外顯子序列在蕓薹屬A、C基因組中非常保守，共線性關(guān)系良好；蕓薹屬A、C基因組中BnMs候選基因區(qū)均由五個保守的區(qū)段構(gòu)成，這些區(qū)段在四個基因組中方向相同，序列幾乎完全一致，不同的是這些保守的區(qū)段在這些基因組中分別被一些大的插入片段所隔開；甘藍(lán)型油菜A基因組的BnMs候選基因區(qū)序列與白菜