中藥方劑龍蛇羊泉湯的計(jì)算藥理學(xué)研究.pdf

1、癌癥，是死亡率極高的疾病之一，長(zhǎng)期威脅人類健康，因此癌癥的預(yù)防與治療將成為迫切需要解決的問(wèn)題。然而，中藥治療癌癥，能夠針對(duì)病源，明顯緩解癥狀，減少病人痛苦。中藥方劑龍蛇羊泉湯是由前人在治療癌癥的過(guò)程中總結(jié)出的一個(gè)抗癌復(fù)方，由龍葵、蛇莓、白英、海金沙、燈芯草和土茯苓等中藥組成，主要應(yīng)用于腫瘤疾病的治療，對(duì)膀胱癌的治療效果尤其顯著。
　　本文主要利用計(jì)算化學(xué)的方法對(duì)中藥方劑龍蛇羊泉湯進(jìn)行了研究，包括以下三部分:
　　第一，通過(guò)查

2、閱文獻(xiàn)得到龍蛇羊泉湯中已知的有424種化合物小分子，利用軟件Cerius2中的QSAR模塊計(jì)算其化學(xué)描述符，并對(duì)描述符進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)均符合Lipinski五規(guī)則，表明龍蛇羊泉湯中所含的化學(xué)成分大部分都具有成藥的藥代動(dòng)力學(xué)性質(zhì)。通過(guò)主成分分析研究，發(fā)現(xiàn)424種小分子和142種抗癌藥物/類藥分子在化學(xué)空間中的分布有較大的重疊，表明中藥方劑龍蛇羊泉湯中可能含有治療腫瘤疾病的活性成分，為接下來(lái)的虛擬篩選工作打下良好的基礎(chǔ)。
　　第二，虛擬

3、篩選。首先，通過(guò)軟件Cerius2進(jìn)行LigandFit對(duì)接，將龍蛇羊泉湯中含有的424種小分子同24種與癌癥有關(guān)的蛋白質(zhì)靶標(biāo)（37個(gè)結(jié)合位點(diǎn)）對(duì)接，以原配體對(duì)接得分作為閾值篩選出具有活性的化合物小分子。其次，利用軟件Pajek構(gòu)建了小分子-蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)圖，對(duì)化合物分子活性進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)篩選出的活性成分在整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中起到了重要作用。利用軟件CintiBin計(jì)算Degree和Betweeness值，其值較大表明其在整個(gè)網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮的作用較強(qiáng)。以

4、此篩選出了13種活性成分，其中有12種為黃酮類化合物，然而黃酮類化合物已經(jīng)被報(bào)道具有抗癌活性，表明13種化合物很可能是中藥方劑龍蛇羊泉湯中的活性成分。
　　第三，精細(xì)對(duì)接。利用軟件AutoDock對(duì)以上篩選出的13種具有較強(qiáng)活性的小分子與部分受體分子做進(jìn)一步對(duì)接，通過(guò)研究配體與受體間的具體結(jié)合模式，我們發(fā)現(xiàn)了配體分子中起關(guān)鍵性作用的結(jié)構(gòu)及基團(tuán)，龍蛇羊泉湯中黃酮類化合物在治療癌癥方面起到了重要作用。通過(guò)對(duì)接結(jié)果的分析，印證虛擬篩選結(jié)