大口黑鱸HBP基因和CTSB基因SNPs的篩選及與生長關聯分析.pdf

1、大口黑鱸（Micropterus salmoides），俗名加州鱸，隸屬鱸形目（Perciformes）、鱸亞目（Porcoidei）、太陽魚科（Cehtrachidae）、黑鱸屬（Micropterus），是我國重要的淡水養(yǎng)殖品種之一。然而近年來，養(yǎng)殖大口黑鱸呈現的種質衰退，生長速度下降的問題，嚴重制約我國大口黑鱸養(yǎng)殖業(yè)的快速發(fā)展。培育出具有優(yōu)良生長性狀的大口黑鱸養(yǎng)殖品種，是現階段育種研究者的研究重點。篩選具有良好遺傳性狀的相關分子標

2、記，并應用于分子標記輔助育種已經成為魚類遺傳改良的重要研究手段，也是其它動植物研究中的重要技術手段。分子標記輔助選擇育種是借助分子標記對標記基因和目標性狀進行關聯和選擇，由于是從分子的角度對性狀直接準確標記，所以能夠有效提高性狀選擇的效率，減少育種過程的泛泛的盲目選擇，有效縮短育種時間。基于大口黑鱸EST-SNP庫，選取高密度脂蛋白結合蛋白基因和組織蛋白酶B為與生長性狀相關的候選基因，分析其單核苷酸多態(tài)性與生長性狀的關聯性。
　　

3、1.高密度脂蛋白結合蛋白基因（HBP）SNPs的篩選及與生長關聯分析
　　高密度脂蛋白結合蛋白（high density lipoprotein binding protein, HBP）在動物的脂肪代謝中發(fā)揮重要的作用。脂類是魚類的重要能源物質，尤其是那些對糖類利用率很低的肉食性魚類。HBP基因上的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)可能會影響脂肪代謝，而對大口黑鱸的生長性狀產

4、生影響，研究其SNP與生長性狀的相關性可為其分子標記輔助選擇提供候選標記。本研究根據大口黑鱸(Micropterus salmoides) EST-SNP庫中 HBP基因的序列(GenBank accession NO.:KF652241)，用直接測序法在HBP基因3′非編碼區(qū)獲得了3個SNPs位點：H1(G+2782T), H2(T+2817C)和H3(G+2857A)。隨機選擇同批繁殖、同塘養(yǎng)殖的165尾大口黑鱸樣本，對3個SNPs

5、位點用SnaPshot方法進行檢測和分型，分型結果用軟件 Popgene32進行遺傳結構分析。運用軟件 spss17.0的一般線性模型（general linear model，GLM）對獲得的不同基因型與生長性狀進行關聯分析。結果表明，3個位點均處于哈溫平衡，其中 H1和H2位點組成了兩種單倍型（A和B），觀測到3種基因型（AA、AB和BB）；H1、H2和H3共組成6種雙倍型（D1、D2、D3、D4、D5和D6）。不同基因型與生長性狀

6、的相關性分析顯示，基因型BB在體質量和全長形態(tài)指標顯著高于基因型AB（P＜0.05），雙倍型D6在體質量和全長形態(tài)指標顯著高于雙倍型 D4（P＜0.05）。在大口黑鱸 HBP基因3′非編碼區(qū)獲得了與生長性狀相關的SNPs標記，其優(yōu)勢基因型可應用于大口黑鱸分子標記輔助選擇育種。
　　2.組織蛋白酶B基因SNP篩選及與生長性狀關聯分析
　　組織蛋白酶B（cathepsin B，CTSB）在動物體內以酶原形式廣泛存在于溶酶體中，其

7、能夠水解多種動物蛋白和植物蛋白，該基因是研究動物的胴體和肉質性狀熱點基因之一。為獲得大口黑鱸(Micropterus salmoides)與生長性狀相關的分子標記，以大口黑鱸EST-SNP庫中CTSB基因為候選基因，用直接測序法在CTSB基因編碼區(qū)獲得了1個SNP位點，該位點為C+598G，為錯義突變（引起氨基酸種類由甘氨酸突變?yōu)榫彼幔?，組成基因型分別為CC、GC和GG。隨機選擇同批繁殖、同塘養(yǎng)殖的165尾大口黑鱸樣本，對該位點用Sn

8、aPshot方法進行檢測和分型，分型結果用軟件 Popgene32進行遺傳結構分析。運用軟件spss17.0的一般線性模型（general linear model, GLM）對獲得的不同基因型與生長性狀進行關聯分析。結果表明，C+598G位點的觀測雜合度為0.4727，多態(tài)信息含量（PIC）為0.3539，為中度多態(tài)性，處于哈溫平衡。觀測到3種基因型GG、GC和CC，在隨機群體中的頻率分別為12.12％，47.27%和40.61%，其

9、中等位基因G和C頻率分別為35.76%和64.24%。不同基因型與生長性狀的相關性分析顯示，體質量、全長、體高、尾柄長、尾柄高5個性狀的平均表型值均為GG型＜GC型＜CC型，其中CC個體在體質量上顯著大于GG個體（P＜0.05）。大口黑鱸CTSB基因編碼區(qū)獲得的分子標記，優(yōu)勢基因型CC可作為大口黑鱸與生長相關的候選標記應用于其分子標記輔助選擇。
　　本研究以大口黑鱸EST-SNP庫中的HBP基因和CTSB基因為候選基因，總共篩選到