東方鲀生長(zhǎng)激素基因進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建及其遺傳多樣性研究.pdf

1、生長(zhǎng)激素(Growth Hormone，GH)能使魚(yú)增進(jìn)食欲，提高飼料轉(zhuǎn)換率，刺激魚(yú)的體重和體長(zhǎng)增長(zhǎng)，促進(jìn)發(fā)育，參與生長(zhǎng)代謝調(diào)節(jié)。本研究基于畜禽、魚(yú)類生長(zhǎng)激素基因方面的研究，參照GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中紅鰭東方鲀和其它近緣物種的生長(zhǎng)激素基因序列，設(shè)計(jì)了兩對(duì)引物擴(kuò)增出了暗紋東方鲀GH基因，構(gòu)建了東方鲀生長(zhǎng)激素基因的進(jìn)化樹(shù)，確證了該基因在進(jìn)化史中的地位，另外以暗紋東方鲀(Takifuguobscurus)、紅鰭東方鲀(Takifugu rub

2、ripes)、星點(diǎn)東方純(Takifugu nihobles)共82個(gè)個(gè)體為對(duì)象，運(yùn)用PCR產(chǎn)物電泳檢測(cè)、單鏈構(gòu)向多態(tài)性(SSCP)技術(shù)和克隆測(cè)序技術(shù)檢測(cè)到了GH基因的長(zhǎng)度和序列多態(tài)性。研究結(jié)果如下： 1、暗紋東方鲀GH基因含有6個(gè)外顯子和5個(gè)內(nèi)含子，編碼196個(gè)氨基酸。 2、從GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中得到的24種脊椎動(dòng)物的生長(zhǎng)激素基因的mRNA序列以及氨基酸序列，通過(guò)Clustal W排列，用LJPGMA法構(gòu)建了GH基因

3、的分子系統(tǒng)樹(shù)。在UPGMA一致樹(shù)中，25種脊椎動(dòng)物分為兩大類：第一大類包括野豬、狗、貓、褐鼠、小鼠、綿羊、牛、雞、鴨、蠑螈、鰻鱺、鱔魚(yú)和人；第二大類包括暗紋東方鮑、紅鰭東方鲀、斑馬魚(yú)、草魚(yú)、大比目魚(yú)、大馬哈魚(yú)、斗魚(yú)、杜父魚(yú)、鮒魚(yú)、金鱸、鯉魚(yú)和鯰魚(yú)。第一大類中，哺乳動(dòng)物(豬、狗、貓、褐鼠、小鼠)先聚為一類，逐次與反芻動(dòng)物(綿羊、牛)、家禽(雞、鴨)、爬行動(dòng)物(蠑螈)、鱔魚(yú)、人以及鰻鱺聚為一大類。第二大類中，杜父魚(yú)與金鱸首先聚為一類，然后逐

4、次與斗魚(yú)和東方鲀(暗紋東方純和紅鰭東方純)聚為第1類；斑馬魚(yú)與草魚(yú)，鮒魚(yú)與鯉魚(yú)各自先聚為一類，然后與大馬哈魚(yú)和鯰魚(yú)聚為第2類。 3、在GH基因內(nèi)含子2中，存在9種長(zhǎng)度類型，分別為A、B、C、D、E、F、G、H、I，變異頻率達(dá)到24.22％。對(duì)這9種序列進(jìn)行比對(duì)分析，發(fā)現(xiàn)9種長(zhǎng)度類型A、G、T、C的平均百分比為17.15％、20.77％、37.38％、24.70％，其中G+C(45.47％)含量與A+T(54.053％)的含量差異不是很大

5、：9種序列分別長(zhǎng)351bp、327bp、319bD、303bp、295bp、291bp、287bp、283bp和271bp，引起長(zhǎng)度變化的主要原因是短串聯(lián)序列TCTG的重復(fù)次數(shù)(重復(fù)次數(shù)從20到40不等)；發(fā)現(xiàn)4個(gè)突變位點(diǎn)，其中3個(gè)轉(zhuǎn)換位點(diǎn)為83(C-T)，101(A-G)，296(G-A)，一處顛換位點(diǎn)103(C-A)。用UPGMA法構(gòu)建分子系統(tǒng)樹(shù)，發(fā)現(xiàn)DD與Ⅱ首先聚為一類，然后依次與GG、AA聚為一大類，BB與CC，EE與HH分別聚

6、為一類，最后再與FF聚為一大類，由此可見(jiàn)GH基因內(nèi)含子2在品種間的差異遠(yuǎn)大于品種內(nèi)差異。 4、在GH基因內(nèi)含子5中，擴(kuò)增的片斷長(zhǎng)度有差異，其中AA基因型長(zhǎng)353bp，BB基因型長(zhǎng)360bp，CC基因型長(zhǎng)337bp，DD基因型長(zhǎng)327bp，經(jīng)Clustal W軟件排列生成394個(gè)核苷酸位點(diǎn)，變異位點(diǎn)數(shù)為7個(gè)，占總位點(diǎn)數(shù)的1.77％。引起長(zhǎng)度變化的主要原因是第28位A缺失，193-195位ATGATG缺失，244位G缺失，274-2

7、84位TGGTGAAGATG缺失，312-320位ATGATGATG缺失。發(fā)現(xiàn)7個(gè)突變位點(diǎn)，其中1處顛換即位點(diǎn)251(T-A)，6處轉(zhuǎn)換即位點(diǎn)181、190、268、251、262、271(C-T)，顛換頻率14.29％明顯低于轉(zhuǎn)換頻率85.71％。 5、在GH基因3′非翻譯區(qū)存在兩種長(zhǎng)度多態(tài)性，分別為320bp和317bp，與GenBank(登錄號(hào)為：FRU63807)的序列(316bp)有差異；共檢測(cè)到6種基因型，分別命名為