東方鲀生長激素基因進化樹構(gòu)建及其遺傳多樣性研究.pdf

1、生長激素(Growth Hormone，GH)能使魚增進食欲，提高飼料轉(zhuǎn)換率，刺激魚的體重和體長增長，促進發(fā)育，參與生長代謝調(diào)節(jié)。本研究基于畜禽、魚類生長激素基因方面的研究，參照GenBank數(shù)據(jù)庫中紅鰭東方鲀和其它近緣物種的生長激素基因序列，設(shè)計了兩對引物擴增出了暗紋東方鲀GH基因，構(gòu)建了東方鲀生長激素基因的進化樹，確證了該基因在進化史中的地位，另外以暗紋東方鲀(Takifuguobscurus)、紅鰭東方鲀(Takifugu rub

2、ripes)、星點東方純(Takifugu nihobles)共82個個體為對象，運用PCR產(chǎn)物電泳檢測、單鏈構(gòu)向多態(tài)性(SSCP)技術(shù)和克隆測序技術(shù)檢測到了GH基因的長度和序列多態(tài)性。研究結(jié)果如下： 1、暗紋東方鲀GH基因含有6個外顯子和5個內(nèi)含子，編碼196個氨基酸。 2、從GenBank數(shù)據(jù)庫中得到的24種脊椎動物的生長激素基因的mRNA序列以及氨基酸序列，通過Clustal W排列，用LJPGMA法構(gòu)建了GH基因

3、的分子系統(tǒng)樹。在UPGMA一致樹中，25種脊椎動物分為兩大類：第一大類包括野豬、狗、貓、褐鼠、小鼠、綿羊、牛、雞、鴨、蠑螈、鰻鱺、鱔魚和人；第二大類包括暗紋東方鮑、紅鰭東方鲀、斑馬魚、草魚、大比目魚、大馬哈魚、斗魚、杜父魚、鮒魚、金鱸、鯉魚和鯰魚。第一大類中，哺乳動物(豬、狗、貓、褐鼠、小鼠)先聚為一類，逐次與反芻動物(綿羊、牛)、家禽(雞、鴨)、爬行動物(蠑螈)、鱔魚、人以及鰻鱺聚為一大類。第二大類中，杜父魚與金鱸首先聚為一類，然后逐

4、次與斗魚和東方鲀(暗紋東方純和紅鰭東方純)聚為第1類；斑馬魚與草魚，鮒魚與鯉魚各自先聚為一類，然后與大馬哈魚和鯰魚聚為第2類。 3、在GH基因內(nèi)含子2中，存在9種長度類型，分別為A、B、C、D、E、F、G、H、I，變異頻率達到24.22％。對這9種序列進行比對分析，發(fā)現(xiàn)9種長度類型A、G、T、C的平均百分比為17.15％、20.77％、37.38％、24.70％，其中G+C(45.47％)含量與A+T(54.053％)的含量差異不是很大

5、：9種序列分別長351bp、327bp、319bD、303bp、295bp、291bp、287bp、283bp和271bp，引起長度變化的主要原因是短串聯(lián)序列TCTG的重復(fù)次數(shù)(重復(fù)次數(shù)從20到40不等)；發(fā)現(xiàn)4個突變位點，其中3個轉(zhuǎn)換位點為83(C-T)，101(A-G)，296(G-A)，一處顛換位點103(C-A)。用UPGMA法構(gòu)建分子系統(tǒng)樹，發(fā)現(xiàn)DD與Ⅱ首先聚為一類，然后依次與GG、AA聚為一大類，BB與CC，EE與HH分別聚

6、為一類，最后再與FF聚為一大類，由此可見GH基因內(nèi)含子2在品種間的差異遠大于品種內(nèi)差異。 4、在GH基因內(nèi)含子5中，擴增的片斷長度有差異，其中AA基因型長353bp，BB基因型長360bp，CC基因型長337bp，DD基因型長327bp，經(jīng)Clustal W軟件排列生成394個核苷酸位點，變異位點數(shù)為7個，占總位點數(shù)的1.77％。引起長度變化的主要原因是第28位A缺失，193-195位ATGATG缺失，244位G缺失，274-2

7、84位TGGTGAAGATG缺失，312-320位ATGATGATG缺失。發(fā)現(xiàn)7個突變位點，其中1處顛換即位點251(T-A)，6處轉(zhuǎn)換即位點181、190、268、251、262、271(C-T)，顛換頻率14.29％明顯低于轉(zhuǎn)換頻率85.71％。 5、在GH基因3′非翻譯區(qū)存在兩種長度多態(tài)性，分別為320bp和317bp，與GenBank(登錄號為：FRU63807)的序列(316bp)有差異；共檢測到6種基因型，分別命名為