基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)的癌癥分型方法.pdf

1、浙江大學(xué)碩士學(xué)位論文基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)的癌癥分型方法姓名：陳星申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：生物醫(yī)學(xué)工程指導(dǎo)教師：段會龍20070501浙江大學(xué)碩{ ¨學(xué)位論文 A B S T R A C TA B S T R A C TT h ek e yp r o b l e mo f c a n c e rt r e a t m e n tl i e sO ne a r l yp r e d i c t i o na n d f u l lt

2、h e m p ye f f e c t i v e l ya n da e c u r a t c l y ．T h ec h a l l e n g eh a sb e e nt od i s t i n c tp a t h o g c n e t i c a lt u m o rt y p e s w i t h m o r p h o l o g i c a l l y s i m i l a r a p p e a r a

3、n c e a n d t a r g e ts p e c i f i c t h e r a p i e s ．M i c r o a r r a yt e c h n i q u e m a k e s i tp r a c t i c a l t oq u a n t i t a t et h e e x p r e s s i o no f t h o u s a n d so fg e n e si n p a r a l

4、l e l ，a n dh a sb e e nu s e di n d i s e a s ed i a g n o s i sa n dc l i n i c a lt e s t ．T h ea p p l i c a t i o no f g c n em i c r o a r r a yi nt u m o r p r e d i c t i o na n d c l a s s i f i c a t i o ni sb

5、c n e f i c i a l t oa c c u r a t e l yd i s t i n c tt I I m o r so n m o l e c u l a r l e v e l sf o r b e t t e re f f i c a c y , a s w d l a st op r o b ei n t op a t h o g e n e s i s ，e a r l yp r e d i c t i o

6、n a n d m o l e c u l a r s u b t y p e s ．R e g u l a rc l a s s i f i c a t i o n m e t h o d so fg e n e e x p r e s s i o nd a t a t a k e a l l t h eg e n e so rs a m p l e s a sc h a r a c t e r i s t i c sa n d d

7、on o tc o n s i d e rt h a to n l y p a r to f g e n e s i sc o r r e l a t e d i no n e b i o l o g i c a lp r o c e s s ．T h i st h e s i sp r e s e n t sab i c l u s t e r i n ga l g o r i t h m ( H c r w c ) t Os e a

8、 r c hm e a n i n g f u l g e n es i 印a t u r e a n d f i n dn a t u r a l p a r t i t i o n so f c a n c e r s a m p l e s ．T h e c o n t e n t s a r el i s t e db e l o w ：≯T h e m e a n i n g a n d d e v e l o p m e n

9、 t o f t u m o r s u b t y p e c l a s s i f i c a t i o n ，t a k i n ga c u t el e u k e m i a ( A L ) a n d d i f f u s e l a r g e B ·c e l ll y m p h o m a ( D L B C L ) f o r e x a m p l e ．≯R e l e v a n t k n

10、 o w l e d g e o f g e n ec h i p s a n d a p p l i c a t i o n i nt u m o r c l a s s i f i c a t i o n ．> T h e i m a g e p r o c e s s i n ga n d d a t aa n a l y s i sm e t h o d s o f g e n e c h i p s ，f o c u s

11、 i n go nc l u s t e r i n gm e t h o d s ．> T h e t y p e s a n d l i m i t a t i o n s o f b i c l u s t e r i n ga n d t h e d e s i g n o f H C T W C ．> T h e r e a l i z a t i o no f H C T W C b a s e d o n M

12、A T I ．A B 6 ．0≯T h e e x p e r i m e n t a n d t e s t o fH C T W C i nA L a n d D L B C L ．B yi d e n t i f y i n gr e l e v a n ts u b s e t so f m i c r o a n a yd a t aa n df o c u s i n go n t h e m ，i ti sp r a c

13、t i c a lt o d i s c o v e rp a r t i t i o n s , f i n dk e y g e n e sa n du n d e r s t a n de x p r e s s i o np a t t e r n sw i t h t h i sa l g o r i t h m ，w h i c h i sp r o v e d b yt h e e x p e r i m e n t r

14、e s u l t s ．K e yW o r d s ：t u m o rc l a s s i f i c a t i o n , g e n e e x p r e s s i o n d a t a , m i c r o a r r a y , b i c l u s t e r i n ga l g o r i t h m ，h i e r a r c h i c a ld u S t e r i n g ’s t a b