基于基因表達(dá)譜的癌癥干細(xì)胞調(diào)控基因的識(shí)別研究.pdf

1、癌癥干細(xì)胞假說(shuō)認(rèn)為癌癥干細(xì)胞是癌癥異常增殖、侵襲、轉(zhuǎn)移、耐藥以及復(fù)發(fā)等的根源。本文基于這個(gè)假說(shuō)，分析四種癌癥的基因和miRNAs混合表達(dá)數(shù)據(jù)，挖掘與癌癥干細(xì)胞相關(guān)的關(guān)鍵調(diào)控基因。
　　首先本研究利用分類(lèi)算法將746個(gè)乳腺癌樣本中的18409個(gè)基因和1035個(gè)miRNAs劃分到不同的共表達(dá)模塊中;并與胚胎干細(xì)胞和間充質(zhì)干細(xì)胞的相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)做富集度分析，得到兩個(gè)大小分別為2019和859且與上述兩類(lèi)干細(xì)胞相關(guān)的基因集。另外對(duì)膠質(zhì)母細(xì)胞瘤

2、、低等級(jí)的腦膠質(zhì)瘤和肺癌的混合表達(dá)數(shù)據(jù)重復(fù)上述過(guò)程，最終得到178個(gè)與胚胎干細(xì)胞相關(guān)的基因和7個(gè)與間充質(zhì)干細(xì)胞相關(guān)的基因。
　　其次通過(guò)比對(duì)這兩個(gè)基因集在GSE29625和GSE28974數(shù)據(jù)中的表達(dá)方式，進(jìn)一步驗(yàn)證了兩個(gè)基因集與兩類(lèi)干細(xì)胞的相關(guān)性。另外發(fā)現(xiàn)由178個(gè)基因組成的與胚胎干細(xì)胞相關(guān)的基因集參與由轉(zhuǎn)錄因子E2F介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄過(guò)程。
　　最后通過(guò)構(gòu)建這兩個(gè)基因集的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，在乳腺癌中篩選出兩個(gè)胚胎干細(xì)胞的特異性關(guān)鍵基因T