短串聯(lián)重復(fù)序列多態(tài)性及在造血干細(xì)胞移植中的應(yīng)用.pdf

1、背景：短串聯(lián)重復(fù)序列(shorttandemrepeat，STR)是近年來(lái)發(fā)現(xiàn)的，廣泛存在于基因組中的DNA長(zhǎng)度多態(tài)性片段，它由2～6個(gè)堿基構(gòu)成一個(gè)在長(zhǎng)度上呈串聯(lián)重復(fù)排列的核心序列。STR因具有分布廣泛、信息量大、高度多態(tài)性、高雜合度、低突變率、檢測(cè)簡(jiǎn)便、快捷并遵循孟德?tīng)柟诧@性遺傳規(guī)律等優(yōu)點(diǎn)，成為繼RFLP之后理想的第二代DNA遺傳標(biāo)記，被廣泛應(yīng)用于基因作圖、連鎖分析、基因診斷與產(chǎn)前診斷、遺傳學(xué)、人類(lèi)學(xué)及法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和親權(quán)鑒定、器官移

2、植等領(lǐng)域。STR位點(diǎn)在不同的種族和地區(qū)有很大的差異，河南地處中原、是眾多民族的匯聚地，而其中又以漢族人群居多，因此，河南漢族群體的遺傳學(xué)特征對(duì)中國(guó)漢族人群有較好的代表性。 20世紀(jì)90年代以來(lái)，造血干細(xì)胞移植(hematopoieticstemcelltransplantation，HSCT)技術(shù)取得飛速發(fā)展，現(xiàn)已成為治療惡性血液病、遺傳性疾病等的主要手段之一。隨著HSCT應(yīng)用范圍的擴(kuò)大，移植效果日益得到重視，移植后的檢測(cè)也將成

3、為HSCT研究中不可缺少的一部分。有學(xué)者將STR應(yīng)用于HSCT后植入證據(jù)的檢測(cè)，結(jié)果顯示STR基因位點(diǎn)檢測(cè)可用于判斷移植效果、預(yù)防復(fù)發(fā)、實(shí)行臨床早期干預(yù)治療等，但定期反復(fù)檢測(cè)需長(zhǎng)期保留受者移植前的血樣和供者血樣。本實(shí)驗(yàn)首次對(duì)河南漢族人群的D7S3048、D4S2639、D14S306、D18S535基因座的多態(tài)性分布情況進(jìn)行調(diào)查，獲得河南漢族人群D7S3048、D4S2639、D14S306、D18S535基因座的遺傳學(xué)數(shù)據(jù)；并將該4個(gè)

4、STR位點(diǎn)與我室前期篩選的F13AOl、FESFPS、vWA、CSFlPO、TPOX、TH01等位點(diǎn)聯(lián)合應(yīng)用于HSCT后的監(jiān)測(cè)，對(duì)其應(yīng)用價(jià)值進(jìn)行評(píng)價(jià)和驗(yàn)證；用受者口腔黏膜DNA代替移植前外周血淋巴細(xì)胞DNA，比較患者移植后外周血與口腔粘膜DNA的基因型，以解決需多次采集或長(zhǎng)期保存供者樣本的困難，建立一種簡(jiǎn)便、準(zhǔn)確、早期監(jiān)測(cè)外源基因植入效果的技術(shù)，推廣應(yīng)用于臨床。 方法：對(duì)河南漢族121名無(wú)血緣關(guān)系個(gè)體血樣用經(jīng)典的SDS一蛋白酶K

5、一酚一氯仿方法提取基因組DNA。對(duì)D7S3048、D4S2639、14S306、D18S535基因座進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR產(chǎn)物與等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物經(jīng)過(guò)PAGE和銀染，對(duì)照等位基因分型標(biāo)準(zhǔn)物判讀樣本的基因型，記錄每個(gè)樣本的基因型，用x2檢驗(yàn)對(duì)各STR的基因型分布進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡吻合性驗(yàn)證，用PowerStats軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析，得出D7S3048、D4S2639、D14S306、D18S535基因座的等位基因頻率及

6、基因型頻率、雜合度(heterozygosities，H)、個(gè)體識(shí)別率(powerofdiscrimination，DP)、多態(tài)性信息含量(polymorphisinformationcontent，PIC)、非父排除率．(probabintyofexcludingpaternity，PE)及匹配概率(probabiHty0fmatch，PM)。造血干細(xì)胞移植病例來(lái)自鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院骨髓移植中心，采集患者首次術(shù)后10天、20天、30

7、天的外周靜脈血各2ml，EDTA抗凝；用高壓消毒的棉簽分別取患者術(shù)后10天、20天、30天口腔頰粘膜上皮細(xì)胞，采用5％Chelex一1∞提取基因組DNA。PCR擴(kuò)增D7S3048、D4S2639、14S306、D18S535、F13A01、FESFPS、vWA、CSFlPO、TPOX、TH01，比較每個(gè)HSCT后患者的外周血與其口腔粘膜10個(gè)STR位點(diǎn)的基因型有無(wú)改變。 結(jié)果：1．D7S3048檢出10個(gè)等位基因，37種基因型；

8、D4S2639檢出8個(gè)等位基因，27種基因型；D14S306檢出7個(gè)等位基因，22種基因型；D18S535檢出8個(gè)等位基因，27種基因型。獲得了河南漢族人群4個(gè)基因座的基因頻率分布，4個(gè)基因座的基因型頻率分布均符合Hardy—Weinberg平衡。4個(gè)基因座的雜合度(H)分別為O·857、O．842、0．824、0．826，均高于0．7；個(gè)體識(shí)別率分別為0．961、0．943、0．920、0．936，均大于0．9；多態(tài)性信息含量分別為O

9、．85、0．81、0．76、O．79，均大于0．7，屬于高度多態(tài)性遺傳標(biāo)記位點(diǎn)，在法醫(yī)學(xué)和人類(lèi)遺傳學(xué)等研究應(yīng)用方面具有較高的價(jià)值。 2．13例HSCT患者的外周ffuDNA基因型與口腔粘膜DNA基因型相比較，均發(fā)現(xiàn)外源STR基因型。 結(jié)論：1．首次分析了河南漢族群體中D7S3048、D4S2639、D14S306、D18S535等4個(gè)STR遺傳多態(tài)性，結(jié)果顯示，4個(gè)基因座DP均大于0．92，PIC均大于0．76，為高多態(tài)