基于RAD-seq技術(shù)的中國(guó)葡萄屬葛藟葡萄支系的系統(tǒng)發(fā)育研究.pdf

1、葡萄屬(Vitis.L)植物種類豐富，分布廣泛，是世界上最古老的植物之一。葡萄屬植物具有重要的農(nóng)業(yè)和經(jīng)濟(jì)意義。我國(guó)屬于葡萄屬東亞分布中心，有40種1亞種13變種，占世界所有種類的60％。本課題組前期研究表明葡萄屬中的葡萄亞屬分為新世界支系和歐亞支系，歐亞支系種類中絕大多數(shù)種類在中國(guó)廣泛分布，又分為三大支系，其中葛藟葡萄支系包括10種4變種為本研究提供了基本系統(tǒng)框架。葛藟葡萄支系是一個(gè)系統(tǒng)分類疑難和復(fù)雜類群，主要分類依據(jù)是以數(shù)量性狀為主的

2、形態(tài)變異，而該支系存在廣泛的漸滲和地理漸變掩蓋了分類界限。目前，關(guān)于中國(guó)葡萄屬葛藟葡萄支系的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系一直未能得到解決。
　　本試驗(yàn)利用RAD-seq簡(jiǎn)化基因組測(cè)序技術(shù)，以野外采集到的中國(guó)葡萄屬葛藟葡萄支系9種，1個(gè)疑似雜交群體，1變種共75份材料為研究對(duì)象，通過(guò)觀察形態(tài)變異，高通量測(cè)序，與參考基因組比對(duì)，SNPs檢測(cè)和注釋，進(jìn)行群體遺傳多樣性、遺傳分化、系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系和群體基因交流分析，得出以下結(jié)論:
　　1.中國(guó)葡萄屬葛

3、藟葡萄支系野外采集發(fā)現(xiàn)葛藟葡萄支系在葉片形態(tài)變異豐富，主要表現(xiàn)在葉片大小、葉裂程度和毛被疏密三個(gè)方面。
　　2.RAD-seq測(cè)序技術(shù)可以獲得大規(guī)模的基因序列信息，是解決復(fù)雜類群群體系統(tǒng)發(fā)育的有力手段。本試驗(yàn)測(cè)序獲得67792245個(gè)原始SNPs，經(jīng)過(guò)濾后得到665438個(gè)高質(zhì)量SNPs位點(diǎn)，可以用于群體遺傳多樣性、遺傳分化、系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系以及基因交流分析。
　　3.通過(guò)群體遺傳多態(tài)性和群體遺傳分化分析，中國(guó)葡萄屬葛藟葡萄支系

4、在種內(nèi)表現(xiàn)出較高水平的遺傳多樣性，不同群體間遺傳分化較大。
　　4.基于RAD-seq測(cè)序群體SNP檢測(cè)結(jié)果的主成分分析、群體系統(tǒng)進(jìn)化樹和群體遺傳結(jié)構(gòu)分析三種方法所得到的結(jié)論是一致的:同種的不同個(gè)體分別聚在一起，且每一個(gè)支系的自展支持率在99％以上。在一定程度上解決了葡萄屬內(nèi)部部分種之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。
　　5.利用所得到的SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行群體基因交流分析，進(jìn)一步印證了遺傳學(xué)分析的結(jié)果，IS分析了中國(guó)葡萄屬葛藟葡萄支系之間遺傳