基于線粒體基因組全序列的鱚屬魚類系統(tǒng)發(fā)育研究.pdf

1、鱚屬魚類（Sillago）隸屬于鱸形目(Perciformes)、鱸亞目(Percoidei)、鱚科(Sillaginidae)，廣泛分布于紅海、印度洋和西太平洋沿岸，中國(guó)近海均有分布。鱚屬魚類形態(tài)和體色上非常相近，使得該屬魚類的分類一直存在諸多問(wèn)題，近年來(lái)隨著分子方法的成熟，越來(lái)越多的鱚屬新種及隱存種被發(fā)掘。本研究以鱚屬魚類中6種常見魚種——斑鱚（Sillago aeolus）、亞洲鱚（Sillago asiatica）、中國(guó)鱚(Si

2、llago sinica)、少鱗鱚(Sillago japonica）、多鱗鱚(Sillago sihama)和印度鱚（Sillago indica）為研究對(duì)象，在線粒體全基因組水平上詮釋了6種鱚屬魚類間的遺傳差異，并對(duì)其種間遺傳分化程度進(jìn)行了深入探討，進(jìn)而揭示6種鱚屬魚類之間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系，為鱚屬魚類的分類及進(jìn)化提供分子水平的證據(jù)。主要結(jié)果如下:
　　1.六種鱚屬魚類線粒體基因組特征分析
　　本研究擴(kuò)增得6種鱚屬魚類線粒體

3、基因組全長(zhǎng)介于16493bp～17119bp之間。少鱗鱚線粒體基因組長(zhǎng)度最長(zhǎng)，其tRNALeu(UUR)與ND1基因間、tRNAGln與tRNAMe基因間分別包含有103bp和235bp的非編碼區(qū);亞洲鱚線粒體基因組長(zhǎng)度最短。除少鱗鱚之外，其他5種鱚魚蛋白質(zhì)編碼基因的長(zhǎng)度均一致，少鱗鱚線粒體基因組ND2基因長(zhǎng)9bp，ATP6基因長(zhǎng)6bp。6種鱚屬魚類控制區(qū)長(zhǎng)度變異較大，中國(guó)鱚線粒體控制區(qū)長(zhǎng)度最短，為826bp;多鱗鱚線粒體控制區(qū)長(zhǎng)度最長(zhǎng)

4、，為1274bp，其線粒體控制區(qū)內(nèi)存在串聯(lián)重復(fù)序列。本實(shí)驗(yàn)測(cè)定的多鱗鱚控制區(qū)重復(fù)單元為36bp，共重復(fù)8次。六者線粒體基因組均包含13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、2個(gè)rRNA基因、22個(gè)tRNA基因和2個(gè)主要的非編碼區(qū)（控制區(qū)和OL），除中國(guó)鱚外，其他5種鱚魚的線粒體基因組排列順序與大多數(shù)脊椎動(dòng)物一致。中國(guó)鱚線粒體基因組存在著基因重排現(xiàn)象，其中，tRNAAla與tRNAAsn發(fā)生滑移，由正常的WANCY基因簇（tRNATrp-tRNAAla-tR

5、NAAsn-tRNACys-tRNATyr）變?yōu)閃NACY基因簇。在堿基組成上，所測(cè)得6種鱚屬魚類線粒體基因組的C的含量均最高，G的含量最低;從堿基偏倚性上，6種鱚屬魚類線粒體基因組GC含量在兩條鏈間具明顯的偏向性，且不同片段中這種偏向性的程度不同，以蛋白質(zhì)編碼基因密碼子第三位點(diǎn)最為顯著，而AT含量在兩條鏈中無(wú)偏向性;在H鏈上，12個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因、14個(gè)tRNA基因和控制區(qū)均呈現(xiàn)出明顯的反G偏倚，但在2個(gè)rRNA基因中未檢測(cè)到反G偏倚

6、現(xiàn)象;在L鏈上，8個(gè)tRNA基因呈現(xiàn)反C偏倚，ND6基因同時(shí)呈現(xiàn)出反A和反C偏倚。密碼子使用上，6種鱚屬魚類的COI基因均以GTG作為起始密碼子;此外，多鱗鱚ATP6基因也使用GTG作為起始密碼子，而少鱗鱚ATP6基因使用CTG作為起始密碼子，其他基因均以ATG作為起始密碼子;終止密碼子共包含兩種類型，即完全終止密碼子(TAA、TAG)和不完全終止密碼子（TA-、T--）。除了tRNASer(AGY)外，其余tRNA均能形成穩(wěn)定的三葉草

7、形結(jié)構(gòu)，tRNA上的堿基變異多發(fā)生在環(huán)區(qū)。在控制區(qū)識(shí)別了終止序列區(qū)、中央保守區(qū)(CSB-F～-A)和保守序列區(qū)(CSB-1～-3);在終止序列區(qū)中，六者的TAS重復(fù)數(shù)不同。
　　2.基于線粒體基因組全序列的鱚屬魚類系統(tǒng)發(fā)育分析
　　利用軟件DAMBE對(duì)各堿基進(jìn)行替換飽和性分析，結(jié)果顯示6種鱚屬魚類線粒體基因組rRNA基因、tRNA基因和蛋白質(zhì)編碼基因的密碼子第一、第二位點(diǎn)轉(zhuǎn)換和顛換均不存在飽和現(xiàn)象，而蛋白質(zhì)密碼子的第三位點(diǎn)卻