基于轉(zhuǎn)錄組信息的玫瑰SSR標(biāo)記開發(fā)及野生玫瑰遺傳多樣性分析.pdf

1、玫瑰（Rosa rugosa）是薔薇屬重要的觀賞植物，具有重要的觀賞價(jià)值、經(jīng)濟(jì)價(jià)值和育種價(jià)值。本研究以玫瑰轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)為基礎(chǔ)，對玫瑰轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)進(jìn)行了搜索和特征分析，在此基礎(chǔ)上挑選了48對SSR引物進(jìn)行了多態(tài)性篩選，最終開發(fā)出19對穩(wěn)定的多態(tài)性引物。利用開發(fā)的引物對產(chǎn)自牟平和琿春的46份野生玫瑰材料進(jìn)行了遺傳多樣性分析。主要研究結(jié)果如下：
　　1.在玫瑰轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫中共檢索出16,212個(gè)SSR位點(diǎn)，發(fā)生頻率（含SSR的unig

2、ene數(shù)與總unigene數(shù)之比）為17.94％，出現(xiàn)頻率（檢索出的SSR個(gè)數(shù)與總unigene數(shù)之比）為22.70%；平均每4.21Kb出現(xiàn)一個(gè)SSR位點(diǎn)。
　　2.玫瑰轉(zhuǎn)錄組SSR基序類型中單核苷酸重復(fù)最多，占總SSR位點(diǎn)的40.49%；雙核苷酸和三核苷酸重復(fù)次之。單核苷酸基序重復(fù)次數(shù)以12~16次為主，而多核苷酸重復(fù)基序重復(fù)次數(shù)以5~9次為主?；蚪M成中數(shù)量最多的是雙核苷酸重復(fù)的AG/CT基序（5,495個(gè)），占全部SSR的

3、33.89%；其次為單核苷酸重復(fù)的A/T基序。植物中SSR位點(diǎn)的優(yōu)勢基序類型存在物種特異性，而相同重復(fù)基序類型SSR位點(diǎn)的優(yōu)勢基序組成相同，這可能與基因密碼子的偏好性有關(guān)。
　　3.設(shè)計(jì)了7536對引物，隨機(jī)挑選了48對覆蓋了單核苷酸至六核苷酸及復(fù)合型SSR位點(diǎn)七種重復(fù)類型的引物進(jìn)行了引物篩選，共篩選出19對可用的多態(tài)性引物，引物開發(fā)效率為39.58%。含有五核苷酸和六核苷酸重復(fù)基序SSR位點(diǎn)的引物開發(fā)效率較高，分別為83.33%