高丹草EST-SSR標記的開發(fā)及遺傳多樣性的研究.pdf

1、本論文通過利用高粱EST序列開發(fā)SSR引物，全面分析了高粱EST序列中SSR的特性，并對所設(shè)計的引物進行檢測；同時利用開發(fā)的引物對高粱、蘇丹草和高丹草等60份材料進行了EST-SSR標記分析，并且結(jié)合對其9個農(nóng)藝性狀的研究，對供試材料進行了遺傳多樣性的綜合分析，為進一步研究與利用提供了分子水平的依據(jù)。
　　其主要結(jié)果如下：
　　1．從NCBI數(shù)據(jù)庫獲得210878條高粱EST序列，處理后得到全長37481kb的無冗余EST序

2、列57498條。共搜索出3338個SSR分布于3116條EST中，其中207條EST含一個以上SSR，平均每11.28kbEST出現(xiàn)一個SSR。
　　2．搜索結(jié)果中，二至六核苷酸重復(fù)均存在，其中三核苷酸重復(fù)最高，占68.33％，CCG和GCC出現(xiàn)頻率最高，二核苷酸重復(fù)占17.97%，GA出現(xiàn)頻率最高。四、五、六核苷酸重復(fù)率遠低于三、二核苷酸重復(fù)，共占13.7%。
　　3．搜索出的SSR序列中共有215種基元重復(fù)類型，所有基元

3、長度范圍在18-108bp。
　　4．對3338條SSR序列進行EST-SSR引物設(shè)計，共有1694條序列能夠設(shè)計出引物，所占比例為50.75%。選取94對引物進行合成，擴增結(jié)果表明，61對引物可以在三種材料13A、21和D012中擴增出清晰的條帶，26對引物可在三種材料中檢測出多態(tài)性。其中，有14對引物擴增結(jié)果顯示，D012同時具有父母本（13A、21）帶型。
　　5．對60份材料的9個農(nóng)藝性狀分析結(jié)果表明，小穗數(shù)的遺傳多

4、樣性指數(shù)最高為1.94，其次分別為葉長、成株葉片數(shù)、穗長、株高、單株鮮重、莖重、分蘗數(shù)和葉寬；單株分蘗的變異系數(shù)最大為89.84%，其次為莖重、單株鮮重、葉寬、穗長、小穗數(shù)、株高、成株葉片數(shù)和葉長；主成分分析結(jié)果表明，在所有的主成分構(gòu)成中，主信息主要集中在前4個主成分，累積貢獻率達到88.38%；聚類分析表明，在歐式距離5.0處把供試材料分為5類。
　　6．通過利用14對EST-SSR引物對60份材料進行擴增分析，共檢測到72個等

5、位變異，平均每對引物檢測出5.14個基因位點。每對SSR引物的多態(tài)性指數(shù)范圍為0.56-1.00，平均為93.06%。根據(jù)獲得的72個等位基因，計算60份材料間的遺傳相似系數(shù)(GS)，其范圍為0.4167-0.9861，平均為0.7862。對供試材料進行聚類分析，以0．69為閾值，可將供試材料按照親緣關(guān)系的遠近明顯的將其區(qū)分為5大類群，并與60份材料的農(nóng)藝性狀聚類結(jié)果大致相吻合。
　　7．在開發(fā)出的14對引物中，發(fā)現(xiàn)5個特異的分子