豬6個(gè)候選SNP位點(diǎn)與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、香豬是我國(guó)珍貴的微型地方豬種，具有纖維細(xì)、脂肪顆粒小、香味濃郁、早熟易繁等特點(diǎn)，是加工制作色、香、味俱佳的高質(zhì)量肉品的優(yōu)質(zhì)原料。在采集香豬樣品過程中，發(fā)現(xiàn)在貴州從江縣天然分布的香豬群產(chǎn)仔數(shù)有明顯的差異，是研究豬生長(zhǎng)和繁殖調(diào)控的良好遺傳材料。本文應(yīng)用Illumina Porcine SNP60（60K）豬全基因組 SNP芯片對(duì)從江香豬全基因組的核苷酸多態(tài)性進(jìn)行了系統(tǒng)的研究，并選取6個(gè)候選SNP位點(diǎn)進(jìn)行大群體驗(yàn)證，獲得的主要結(jié)果如下：

2、>　?。?）應(yīng)用Illumina PorcineSNP60芯片對(duì)120份香豬和可樂豬基因組的SNP進(jìn)行檢測(cè)，經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制從120個(gè)樣本中篩選出95個(gè)樣本，從61565個(gè)SNPs中獲得38102個(gè)SNPs。以香豬的產(chǎn)仔數(shù)為表型，用Plink軟件中混合模型進(jìn)行香豬最高產(chǎn)仔數(shù)性狀 SNP全基因組關(guān)聯(lián)分析，經(jīng)過數(shù)據(jù)重排，以permutation校正后顯著閾值為1.31E-6為界，共得到29個(gè)顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)。對(duì)所有位點(diǎn)進(jìn)行了生物信息學(xué)分析和注

3、釋。
　?。?）選取6個(gè)候選 SNP位點(diǎn) CASI0003452、DIAS0001380、ALGA0071919、MARC0052565、 ALGA0045832和 rs326417166，采用等位基因特異PCR方法對(duì)候選位點(diǎn)的多態(tài)性變化進(jìn)行群體研究。
　?。?）群體驗(yàn)證結(jié)果表明，香豬群體中 C452位點(diǎn)以 BB基因型為主，低產(chǎn)群的B等位基因頻率明顯高于高產(chǎn)群(p＜0.05)，兩個(gè)香豬群體的B等位基因頻率明顯高于大白豬(p＜

4、0.05)。r166位點(diǎn)在香豬產(chǎn)仔數(shù)低的群體中基因型以 AB型為主，等位基因以 B為主（P＜0.05）；在香豬仔數(shù)高的群體和大白豬中基因型以 AA型為主（P＜0.05），等位基因以 A型為主；A等位基因頻率在香豬產(chǎn)仔數(shù)高的群體和大白豬中高于香豬仔數(shù)低的群體（P＜0.05）；與乳頭數(shù)，三胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)弱的正相關(guān)。D380位點(diǎn)，兩個(gè)香豬群的A等位基因頻率低于于大白豬，且與乳頭數(shù)呈弱的正相關(guān)；香豬和大白豬群體中A919和M565位點(diǎn)沒有

5、多態(tài)性；A832位點(diǎn)兩個(gè)香豬群 A等位基因頻率明顯低于大白豬(p＜0.05)。
　?。?）經(jīng)測(cè)序證實(shí) D380位點(diǎn)處于 C1GALT1基因外顯子1中，屬于同義密碼子突變(GCC→GCU)，存在密碼子偏好性，可能影響香豬C1GALT1基因的表達(dá)，可能與香豬的性早熟有關(guān)。
　?。?）經(jīng)測(cè)序 C452和 r166位點(diǎn)位于 PDIA4基因內(nèi)含子4中，生物信息學(xué)分析 r166位點(diǎn)通過 pre-mRNA剪接形成不同 PDIA4蛋白亞型，