豬6個候選SNP位點與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、香豬是我國珍貴的微型地方豬種，具有纖維細、脂肪顆粒小、香味濃郁、早熟易繁等特點，是加工制作色、香、味俱佳的高質(zhì)量肉品的優(yōu)質(zhì)原料。在采集香豬樣品過程中，發(fā)現(xiàn)在貴州從江縣天然分布的香豬群產(chǎn)仔數(shù)有明顯的差異，是研究豬生長和繁殖調(diào)控的良好遺傳材料。本文應(yīng)用Illumina Porcine SNP60（60K）豬全基因組 SNP芯片對從江香豬全基因組的核苷酸多態(tài)性進行了系統(tǒng)的研究，并選取6個候選SNP位點進行大群體驗證，獲得的主要結(jié)果如下：

2、>　　（1）應(yīng)用Illumina PorcineSNP60芯片對120份香豬和可樂豬基因組的SNP進行檢測，經(jīng)過嚴格的質(zhì)量控制從120個樣本中篩選出95個樣本，從61565個SNPs中獲得38102個SNPs。以香豬的產(chǎn)仔數(shù)為表型，用Plink軟件中混合模型進行香豬最高產(chǎn)仔數(shù)性狀 SNP全基因組關(guān)聯(lián)分析，經(jīng)過數(shù)據(jù)重排，以permutation校正后顯著閾值為1.31E-6為界，共得到29個顯著關(guān)聯(lián)位點。對所有位點進行了生物信息學(xué)分析和注

3、釋。
　?。?）選取6個候選 SNP位點 CASI0003452、DIAS0001380、ALGA0071919、MARC0052565、 ALGA0045832和 rs326417166，采用等位基因特異PCR方法對候選位點的多態(tài)性變化進行群體研究。
　?。?）群體驗證結(jié)果表明，香豬群體中 C452位點以 BB基因型為主，低產(chǎn)群的B等位基因頻率明顯高于高產(chǎn)群(p＜0.05)，兩個香豬群體的B等位基因頻率明顯高于大白豬(p＜

4、0.05)。r166位點在香豬產(chǎn)仔數(shù)低的群體中基因型以 AB型為主，等位基因以 B為主（P＜0.05）；在香豬仔數(shù)高的群體和大白豬中基因型以 AA型為主（P＜0.05），等位基因以 A型為主；A等位基因頻率在香豬產(chǎn)仔數(shù)高的群體和大白豬中高于香豬仔數(shù)低的群體（P＜0.05）；與乳頭數(shù)，三胎產(chǎn)仔數(shù)和三胎產(chǎn)仔數(shù)弱的正相關(guān)。D380位點，兩個香豬群的A等位基因頻率低于于大白豬，且與乳頭數(shù)呈弱的正相關(guān)；香豬和大白豬群體中A919和M565位點沒有

5、多態(tài)性；A832位點兩個香豬群 A等位基因頻率明顯低于大白豬(p＜0.05)。
　?。?）經(jīng)測序證實 D380位點處于 C1GALT1基因外顯子1中，屬于同義密碼子突變(GCC→GCU)，存在密碼子偏好性，可能影響香豬C1GALT1基因的表達，可能與香豬的性早熟有關(guān)。
　?。?）經(jīng)測序 C452和 r166位點位于 PDIA4基因內(nèi)含子4中，生物信息學(xué)分析 r166位點通過 pre-mRNA剪接形成不同 PDIA4蛋白亞型，