高通量組學(xué)方法在海綿共生微生物研究中的應(yīng)用.pdf

1、許多海綿的中膠層組織中都生活著大量的共生微生物，包括古菌，細(xì)菌，真核生物等。很多微生物都是無(wú)法培養(yǎng)的，因而需要引入元基因組和元轉(zhuǎn)錄組等直接測(cè)序基因組及轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的方法進(jìn)行研究。
　　轉(zhuǎn)錄組學(xué)方法是從 RNA水平研究基因表達(dá)的情況,元轉(zhuǎn)錄組學(xué)則是研究整個(gè)微生物群落在某一特定時(shí)間及環(huán)境條件下基因組產(chǎn)生的全部轉(zhuǎn)錄物的種類、結(jié)構(gòu)和功能，并進(jìn)一步研究構(gòu)成群落的不同微生物及其相互關(guān)系。元轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析方法對(duì)于了解生物功能過(guò)程中所涉及的基因和途徑

2、是一種很重要的工具。
　　海綿Theonella swinhoei是一種在南中國(guó)海上廣泛存在的海綿，它是天然活性物質(zhì)的重要來(lái)源。本文以海綿Theonella swinhoei的元轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析為例，搭建出一套海綿元轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)的分析流程，并首次嘗試?yán)迷D(zhuǎn)錄組學(xué)的方法去研究海綿次級(jí)代謝。我們發(fā)現(xiàn)，Theonella swinhoei的共生微生物轉(zhuǎn)錄表達(dá)產(chǎn)物中，變形菌數(shù)量最多，約占整個(gè)的17.02％。對(duì)海綿的功能研究顯示，Theon