基于芯片方法的非綜合征性唇腭裂與IRF6、TGFA的SNPs相關(guān)性分析.pdf

1、非綜合征性唇裂伴或不伴腭裂(nonsyndromic cleft lip with orwithout cleft palate，NSCL/P)是一種比較常見(jiàn)的先天顏面部缺陷，亞洲和美洲發(fā)病率最高。目前，多認(rèn)為NSCL/P的發(fā)病與多基因遺傳、環(huán)境及兩者的相互作用相關(guān)。干擾素調(diào)節(jié)因子6(interferon regulatoryfactor 6，IRF6)和轉(zhuǎn)化生長(zhǎng)因子α(transforming growth factor-α，TGFA

2、)是遺傳因素中比較熱點(diǎn)的基因。由于這兩個(gè)基因與NSCL/P的關(guān)系不甚明了，故本研究旨在在非綜合征性唇腭裂核心家庭中，探討IRF6、TGFA部分SNP位點(diǎn)與NSCL/P的關(guān)聯(lián)性，試圖確認(rèn)這兩個(gè)基因是否是本人群該疾病的易感基因，為日后篩選高危人群提供理論依據(jù)，同時(shí)評(píng)估基因芯片作為SNP方法的可行性。 本文的研究對(duì)象，為來(lái)自江蘇省人民醫(yī)院和東南大學(xué)中大醫(yī)院83位經(jīng)整形外科醫(yī)師確診的非綜合征性唇腭裂患者。年齡分布：5個(gè)月至30歲，均為華

3、東地區(qū)散發(fā)型病例。部分患者的父親和(或)母親參與了此研究。本研究對(duì)這批患者及其父母DNA的IRF6、TGFA部分單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)進(jìn)行PCR特異性擴(kuò)增，采用東南大學(xué)生物電子學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室的基因芯片技術(shù)對(duì)所有PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行SNP位點(diǎn)多態(tài)性檢測(cè)，確定各成員各位點(diǎn)基因型。對(duì)各位點(diǎn)隨機(jī)抽取部分樣本的PCR產(chǎn)物直接測(cè)序。對(duì)芯片所得數(shù)據(jù)進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡檢驗(yàn)，比較患者組和父母組的各位點(diǎn)基因型和等位基因分布，并擬予以

4、單體型相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)(HRR)分析和傳遞不平衡(TDT)檢驗(yàn)。 結(jié)果：由于HRR及TDT都需要采用核心家庭(患者及其父母)的基因型數(shù)據(jù)，故只有父親或母親基因型數(shù)據(jù)的家庭未納入統(tǒng)計(jì)系統(tǒng)。本研究共有50個(gè)NSCL/P核心家庭。各SNP位點(diǎn)所有人群均可擴(kuò)增。直接測(cè)序的PCR產(chǎn)物分型結(jié)果與芯片完全相同。患者組和父母組之間各位點(diǎn)基因型和等位基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)，兩組的基因型等位基因分布均無(wú)明顯差異。IR

5、F6的V274I這個(gè)位點(diǎn)與NSCL/P相關(guān)聯(lián)(HRR：x<'2>=4.5816，P<0.05，TDT：x<'2>=4.787，P<0.05)。該基因另一個(gè)位點(diǎn)rs2235375兩種檢驗(yàn)均陰性。TGFA兩個(gè)SNP位點(diǎn)(C3827T、T3851C)HeR陽(yáng)性(均有P<0.05)而TDT陰性(均有P>0.05)。 根據(jù)本文的研究結(jié)果，可以認(rèn)為中國(guó)漢族人群中IRF6的V274I這個(gè)位點(diǎn)與NSCL/P易感基因存在連鎖不平衡，IRF6可能是