母豬初情期全基因組關聯(lián)分析和位置候選基因研究.pdf

1、養(yǎng)豬生產中，繁殖性能直接影響母豬的生產效率。母豬初情期是指正常青年母豬到達第一次發(fā)情并排卵時的月齡。母豬初情期的遺傳力為0.32，屬于中等遺傳力性狀。由于初情期和發(fā)情周期的鑒定工作十分費力，因此在育種中通過表型選擇改良母豬初情期難度較大，如果能鑒別到影響母豬初情期的主效基因或與之緊密連鎖的分子標記，采用標記輔助選擇來改良母豬將行之有效。
　　 近年來，隨著豬全基因組測序的完成，大量源于測序及再測序SNP的發(fā)現(xiàn)，尤其是豬60K S

2、NP芯片(Illumina Porcine SNP60K Bead Chip)的上市，使得豬全基因組關聯(lián)研究(GWAS)成為可能。本研究以白色杜洛克×二花臉資源群體F2代母豬為研究對象，在母豬初情期QTL初步定位的基礎上，利用Illumina豬60K SNP芯片對316頭有初情期表型記錄的F2母豬及其親本進行全基因組關聯(lián)分析(GWAS)，并通過增加標記密度對初步定位的QTL進行精細定位，在此基礎上分析LIN28B和TMEM38B兩個位置

3、候選基因與母豬初情期的關聯(lián)性。
　　 單標記全基因組關聯(lián)分析結果顯示，與初情期顯著關聯(lián)的100個SNP中有74個位于7號染色體(SSC7)，其中關聯(lián)性最強的SNP(corrected P value=7.54×10-4)位于SSC7的33.07 Mb處，這74個顯著關聯(lián)的SNP的物理位置從20.05Mb處開始到132.10Mb處結束。除SSC7外，有6個與母豬初情期顯著關聯(lián)的SNP位于1號染色體上(SSC1)，其中關聯(lián)性最強的S

4、NP(corrected P value=7.38×10-3)位于SSC112.55Mb處。另外，SSC2、SSC3、SSC4、SSC6、SSC8和SSC15等染色體也存在少量與初情期顯著關聯(lián)的SNP。
　　 基于60K SNP基因型數(shù)據(jù)的連鎖和連鎖不平衡分析結果顯示，在SSC1、SSC2、SSC6、SSC7和SSC13存在多個與母豬初情期顯著關聯(lián)的單倍型。其中SSC7上的單倍型與初情期關聯(lián)性最強。
　　 通過對6頭F1

5、公豬PCR產物直接測序，分別在LIN28B和TMEM38B兩個候選基因外顯子上搜尋得到2個和1個SNP，采用SNaPShot法判定各SNP在白色杜洛克×二花臉資源群體F0、F1和454頭有初情期表型記錄的F2代母豬中的基因型。標準關聯(lián)分析結果顯示，LIN28B基因的2個SNP位點Exon1 g.771 A>T、Exon2 g.243 G>A和TMEM38B的SNP位點Exon1 g.488 G>A均與初情期呈顯著相關(P<0.05)。但