CoI條形碼在鰻鱺種質(zhì)鑒定和系統(tǒng)發(fā)育研究中的應(yīng)用.pdf

1、本研究通過(guò)比較鰻鱺CoI基因序列的差異對(duì)玻璃鰻（歐洲鰻鱺、日本鰻鱺、花鰻鱺和莫桑比克鰻鱺）進(jìn)行種質(zhì)鑒定，建立相應(yīng)的CoI條形碼。同時(shí)對(duì)鰻鱺屬中9種鰻鱺（歐洲鰻鱺、美洲鰻鱺、雙色鰻鱺、呂宋鰻鱺、花鰻鱺、日本鰻鱺、莫桑比克鰻鱺、云紋鰻鱺和太平洋雙色鰻鱺）進(jìn)行遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育的研究，以期為鰻鱺養(yǎng)殖過(guò)程中存在的種質(zhì)混亂，養(yǎng)殖種類過(guò)于單一等問(wèn)題提供幫助。
　　1.玻璃鰻種質(zhì)鑒定：采集玻璃鰻樣品共46尾并提取 DNA，通過(guò) PCR擴(kuò)增Co

2、I基因片段后進(jìn)行序列測(cè)序，用相關(guān)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析后得到613bp的序列。46條序列共定義了16個(gè)單倍型。以 GenBank中已有的鰻鱺線粒體 CoI基因序列為參照，經(jīng)分析堿基組成、單倍型網(wǎng)絡(luò)進(jìn)化關(guān)系、遺傳距離和NJ分類樹(shù)等，鑒定結(jié)果為歐洲鰻鱺、日本鰻鱺、花鰻鱺、莫桑比克鰻鱺。歐洲鰻鱺和莫桑比克鰻鱺親緣關(guān)系較近，日本鰻鱺和花鰻鱺親緣關(guān)系較近，但歐洲鰻鱺、莫桑比克鰻鱺與日本鰻鱺、花鰻鱺聚為兩大類。46條CoI序列中有69處發(fā)生堿基轉(zhuǎn)換

3、，14處發(fā)生堿基顛換，轉(zhuǎn)換與顛換的發(fā)生數(shù)量比值約為15:1，其中T與C之間的轉(zhuǎn)換發(fā)生最多。4種鰻鱺種間遺傳距離為0.0549～0.0926，種內(nèi)遺傳距離為0.0016～0.0062。本試驗(yàn)中用mtDNACoI序列進(jìn)行的鰻鱺分類和形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果是一致的，表明用線粒體CoI序列的DNA條形碼技術(shù)鑒定鰻鱺種類是可行的。單倍型hap1-4為莫桑比克鰻鱺獨(dú)有；hap5-6為日本鰻鱺獨(dú)有；hap7-11為日本鰻鱺獨(dú)有；hap12-16為花鰻鱺獨(dú)有，

4、可作為DNA條形碼鑒別不同種鰻鱺。
　　2.鰻鱺屬遺傳多樣性和系統(tǒng)發(fā)育研究：采集9種鰻鱺（共83個(gè)樣品）提取DNA，通過(guò)PCR擴(kuò)增CoI基因片段后進(jìn)行序列測(cè)序，用相關(guān)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)處理和分析。83條序列定義了36種單倍型。鰻鱺的核苷酸多樣性(0.00047～0.00470)遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于單倍型多樣性(0.286～0.944)，遺傳多樣性相差較少。歐洲鰻鱺、呂宋鰻鱺單倍型多樣性較高，分別為0.909、0.944，日本鰻鱺單倍型多樣性僅為0.

5、286，該種鰻鱺資源豐富度偏低。歐洲鰻鱺的平均核苷酸差異(K)、核苷酸多樣性(Pi)最大，分別為2.897、0.00470，多態(tài)位點(diǎn)9個(gè)；日本鰻鱺平均核苷酸差異(K)和核苷酸多樣度(Pi)最小，分別為0.286、0.00047，多態(tài)位點(diǎn)僅有1個(gè)，各單倍型序列間的差異少，需采取相關(guān)措施保護(hù)日本鰻苗資源。序列中堿基轉(zhuǎn)換與顛換比值為4.24，堿基轉(zhuǎn)換值明顯高于顛換。堿基替換大部分發(fā)生在密碼子的第三位點(diǎn)， 第二位點(diǎn)未有堿基替換，最為保

6、守。種間平均遺傳距離在0.0212～0.0933之間，種內(nèi)遺傳距離為0.0016～0.0060。物種的系統(tǒng)發(fā)育與地理分布位置密切相關(guān)。發(fā)育系統(tǒng)樹(shù)顯示分為兩大支，其中一支中花鰻鱺與云紋鰻鱺親緣關(guān)系最近，其次是呂宋鰻鱺，日本鰻鱺則稍遠(yuǎn)，太平洋雙色鰻鱺和雙色鰻鱺親緣關(guān)系較近，但是與花鰻鱺和云紋鰻鱺則是親緣關(guān)系最遠(yuǎn)的。另一支上歐洲鰻鱺首先與美洲鰻鱺親緣關(guān)系最近，莫桑比克鰻鱺相對(duì)稍遠(yuǎn)。莫桑比克鰻鱺分布地雖與花鰻鱺、雙色鰻鱺等相近，都分布于印度洋，