DNA條形碼檢測技術(shù)在媒介鼠類鑒定中的研究與示范應(yīng)用.pdf

1、目的：
　　以國境口岸截獲鼠類和地區(qū)捕獲鼠類為對象，探索DNA條形碼檢測技術(shù)的準(zhǔn)確性和一般模式;探究DNA條形碼技術(shù)用于近緣種的鑒別;探索DNA條形碼技術(shù)用于國境口岸遠洋油輪截獲的腐爛鼠類的鑒別;探索DNA條形碼技術(shù)追溯截獲媒介的地理來源的可行性。
　　方法：
　　本研究通過對在貴州茂蘭、中俄邊境的黑瞎子島和山東黃島出入境口岸三個地區(qū)采集或截獲的2科5屬12種共320個鼠類個體，提取基因組DNA，擴增COI基因序列，并

2、進行測序，部分序列上傳NCBI和BOLD數(shù)據(jù)庫，對所得序列進行多重序列比對，基于Kimura雙參數(shù)模型計算種內(nèi)種間遺傳距離，用NJ和MP法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，并進行序列聚類和系統(tǒng)發(fā)育分析。
　　結(jié)果：
　　貴州茂蘭捕獲的3個鼠種中，社鼠Rattus niviventer的平均種內(nèi)遺傳距離為0.008，黃胸鼠Rattus flavipectus為0.001，錫金小鼠Mus pahari為0.002，小于最小種間遺傳距離0.02。而

3、社鼠和黃胸鼠的平均種間遺傳距離為0.142，社鼠和錫金小鼠的平均種間遺傳距離為0.185，黃胸鼠和錫金小鼠的平均種間遺傳距離為0.210。分別用MP法和NJ構(gòu)建分子系統(tǒng)進化樹，兩者得到的結(jié)果均具有相似的拓撲結(jié)構(gòu)，茂蘭地區(qū)常見3種鼠類所有個體各形成一個單系，節(jié)點支持率是100％。
　　黑瞎子島地區(qū)41個鼠類樣本COI基因序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行BLAST比對后，結(jié)果顯示，相似性在99％-100％。對黑瞎子島地區(qū)兩對近緣種東方田鼠Mi

4、crotusfortis和莫氏田鼠Microtus maximowiczii，紅背□ Clethrionomys rufocanus和棕背□Clethrionomys rutilus COI基因序列進行分析，同一種鼠類不同個體的DNA條形碼序列差異很小，為0.003～0.008，平均為0.005;種間差異則很大，為0.108-0.346，平均為0.258。平均種間遺傳距離是種內(nèi)遺傳距離的51倍。NJ和MP法構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹，聚類分析。結(jié)

5、果顯示，不同種類的鼠位于不同的分支，不同種屬的鼠類區(qū)別明顯。每一個單系分支對應(yīng)一個特異的物種，節(jié)點支持率為100％。在分支長度上，種間分支較長，種內(nèi)分支則很短。
　　黃島口岸截獲小鼠的COI基因序列在NCBI數(shù)據(jù)庫進行BLAST比對后，結(jié)果顯示，相似性為99％-100％的序列均為小家鼠Mus musculus。初步提示黃島口岸截獲的小鼠很可能是小家鼠。黃島口岸截獲小鼠的COI序列與來自圭亞那、墨西哥、加拿大、美國和中國的10個小家

6、鼠COI序列相似性為97％-100％。10個小家鼠COI序列歸為高支持率的單系分支，分支內(nèi)平均遺傳距離為0.017，而同為鼠科的來自不同地區(qū)的褐家鼠Rattus norvegicus則歸為另一支，兩分支間遺傳距離為24％。在進行種內(nèi)遺傳距離和系統(tǒng)發(fā)育分析時，我們還發(fā)現(xiàn)黃島口岸截獲的小家鼠與來自不同地區(qū)的小家鼠雖同屬單系，但距離表現(xiàn)出微小差異。其中與來自中國的小家鼠距離相對較遠，與來自美國和加拿大的小家鼠距離居中，而與來自圭亞那和墨西哥的

7、小家鼠距離最近。這種距離的差異特點表現(xiàn)出明顯的地域性。
　　結(jié)論：
　　對鼠類COI基因進行多重序列比對、遺傳距離分析、序列聚類和系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建能夠很好的對鼠類進行分類和鑒定，可為鼠種DNA分類鑒定的一般模式提供參考?；贑OI基因的DNA條形碼不僅能夠糾正形態(tài)學(xué)鑒定中的錯誤，還能鑒別形態(tài)相近的近緣種。DNA條形碼技術(shù)能夠很好鑒定國境口岸截獲的腐爛小鼠，并能對國境口岸截獲小鼠的地理來源作出初步判斷。基于COI基因的DNA條形碼