中、日斑鰶耳石形態(tài)及線粒體基因組研究.pdf

1、本文以斑鰶(Konosirus punctatus)為研究對象,利用耳石形態(tài)學(xué)手段以及斑鰷線粒體基因組全序?qū)Π喏浿?、日個體進行了比較研究,同時從線粒體基因組的角度探討了鰶亞科及其近緣種魚類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,此外通過分析斑鰶8個群體控制區(qū)全序以及Cyt b全序探討了斑鰶中、日個體之間的遺傳分化。本研究成果可以為研究海洋魚類不同群體耳石形態(tài)提供基礎(chǔ)資料,豐富線粒體基因組數(shù)據(jù)庫,并為斑鰶漁業(yè)資源的種質(zhì)資源的評價以及管理與保護提供基礎(chǔ)資料。

2、>　　耳石形態(tài)學(xué)方面,采用Shape index法與傅里葉法分別分析了斑鰶8個群體耳石形態(tài)差異分析結(jié)果相近,顯示中國沿海斑鰶群體耳石形態(tài)差異不顯著,但與日本群體耳石形態(tài)存在差異。結(jié)果表明斑鰶中、日群體間存在地理差異,暗示中國與日本沿海的斑鰶有可能存在亞種以上分化。
　　線粒體基因組全序列方面,以長PCR與常規(guī)PCR結(jié)合的方法設(shè)計了37對引物,采用步移法擴增測定了斑鰶線粒體基因組全序列,其中斑鰶中國個體的線粒體基因組長度為16697

3、bp,日本個體為16698bp。斑鰶線粒體基因組結(jié)構(gòu)與大多數(shù)已知脊椎動物線粒體基因組的結(jié)構(gòu)類似,包括22個tRNA、2個rRNA、13個蛋白質(zhì)編碼基因以及非編碼區(qū),排列順序與大多數(shù)已知魚類的排列順序一致;堿基含量方面,斑鰶線粒體基因組兩條鏈上GC含量具有明顯偏向,而AT含量的偏向性不明顯,蛋白質(zhì)編碼基因第二位密碼子堿基使用偏好最為明顯;斑鰶中、日個體僅在兩種內(nèi)切酶的酶切片段上存在差異;中日斑鰷的各同源蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子均相同,除

4、了COI以GTG為起始密碼子外,其余12個基因的起始密碼子都為標(biāo)準(zhǔn)起始密碼子ATG,日本斑鰶與中國個體終止密碼子一致;斑鰶中、日個體的2個rRNA長度分別相同:斑鰷中、日個體的輕鏈復(fù)制起始區(qū)OL均能形成穩(wěn)定的莖環(huán)二級結(jié)構(gòu);研究結(jié)果顯示斑鰷中、日個體控制區(qū)具有三個序列區(qū),即終止相關(guān)序列區(qū)(TAS)、中央保守序列區(qū)(CSB-F、CSB-E、CSB-D、CSB-C、CSB-B)以及保守區(qū)(CSB-2及CSB-3)。
　　系統(tǒng)發(fā)育方面,采

5、用蛋白質(zhì)編碼基因聯(lián)合、tRNA聯(lián)合、rRNA聯(lián)合以及控制區(qū)分別對斑鰶中、日個體及幾種鯡科魚類的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進行分析。蛋白質(zhì)編碼基因分析表明斑鰶與美洲真鰶、佩坦真鰷的距離較小,與日本海鰶的距離較遠;tRNA聯(lián)合片段分析表明斑鰶與日本海鰷的距離比真鰶屬兩種魚類的遺傳距離近,日本海鰶與斑鰶的遺傳距離較美洲真鰶的遠,較佩坦真鰶的近;基于rRNA基因組合分析斑鰶與美洲真鰶、佩坦真鰶的遺傳距離較日本海鰶的近,小齒寬頜鯡與斑鰶的遺傳距離較篩鯡、真鰶的

6、要遠;基于控制區(qū)序列分析結(jié)果顯示斑鰶與日本海鰶的遺傳距離較近,與其他鰶亞科魚類的距離較遠;基于線粒體基因組全序列分析,結(jié)果顯示斑鰶與真鰶屬的關(guān)系較日本海鰶近,篩鯡與美洲真鰶、佩坦真鰶的距離較小。
　　群體遺傳學(xué)方面,以8個斑鰶群體為對象,通過分析1055bp的控制區(qū)全序以及去掉終止密碼子T的1140bp Cyt b基因全序列,發(fā)現(xiàn)斑鰶群體具有高單倍型多樣性和低核苷酸多樣性;遺傳結(jié)構(gòu)分析檢測到斑鰶的中國群體與日本群體平均遺傳距離較遠