水稻OsAGP基因序列變異及其與千粒重的關(guān)聯(lián)分析.pdf

1、粒重是決定水稻產(chǎn)量的三個(gè)關(guān)鍵因素之一,ADPG焦磷酸化酶(AGPase)是水稻淀粉合成中的限速酶,其功能可能與水稻千粒重(1000-grain weight,TGW)有關(guān)。本研究測(cè)定了水稻ADPG焦磷酸化酶7個(gè)同工型基因(OsAGP)的序列變異,找到單核苷酸多態(tài)性(SNP)或插入/缺失(InDel)位點(diǎn),并鑒定關(guān)聯(lián)定位群體10SNP的基因型,利用關(guān)聯(lián)分析測(cè)定候選基因及覆蓋全基因組的微衛(wèi)星標(biāo)記(SSR)與千粒重的關(guān)系,為分子設(shè)計(jì)育種服務(wù)。

2、其主要結(jié)果如下:
　　 1、測(cè)定了30份水稻的7個(gè)OsAGP同工型基因的部分序列,共發(fā)現(xiàn)38個(gè)SNPs或插入/缺失(InDel)位點(diǎn)?；谌后w結(jié)構(gòu)的關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)OsAGPL1,OsAGPL2,OsAGPL4,OsAGPS1和OsAGPS2b的部分SNPs可能與TGW有關(guān)(P＜0.1)。
　　 2、為鑒定SNP基因型,設(shè)計(jì)開發(fā)了6個(gè)酶切擴(kuò)增多態(tài)性序列(Cleaved amplifiedpolymorphic sequenc

3、es,CAPS)或衍生CAPS標(biāo)記(derived CAPS,dCAPS)。利用該6個(gè)標(biāo)記并結(jié)合Lee等(2009)開發(fā)的4個(gè)標(biāo)記,測(cè)定了關(guān)聯(lián)定位群體416份水稻材料的基因型,發(fā)現(xiàn)OsAGPL2標(biāo)記的多態(tài)信息含量最低(0.06-0.08),而OsAGPLl標(biāo)記的最高(0.5)。
　　 3、候選基因關(guān)聯(lián)分析表明OsAGPL4與兩個(gè)環(huán)境的TGW都存在顯著關(guān)聯(lián)(P＜0.05),而OsAGPL2只在一個(gè)環(huán)境中發(fā)現(xiàn)與TGW關(guān)聯(lián)。利用覆蓋全