水稻蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的生物信息學(xué)分析.pdf

1、運(yùn)用生物信息學(xué)方法對(duì)預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)相互作用組數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為蛋白質(zhì)相互作用研究中最為熱門的領(lǐng)域之一。因此，我們利用生物信息學(xué)的方法整合同源相互作用信息，對(duì)水稻（Oryza sativa）的蛋白質(zhì)相互作用進(jìn)行了預(yù)測(cè)，獲得了76585對(duì)相互作用，共涉及到5049個(gè)蛋白質(zhì)。為了深入研究水稻蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的結(jié)構(gòu)與功能，我們對(duì)得到的相互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了基因表達(dá)譜、GO注釋、亞細(xì)胞定位等生物信息學(xué)分析。通過GO的聚類分析，我們發(fā)現(xiàn)該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)

2、的GO注釋水平達(dá)到了84％，且對(duì)整個(gè)水稻蛋白質(zhì)組有較高的覆蓋度且分布十分均勻。通過對(duì)該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)的基因共表達(dá)分析，我們發(fā)現(xiàn)該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)中相互作用蛋白質(zhì)之間具有顯著的基因共表達(dá)趨勢(shì)。通過對(duì)該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)的亞細(xì)胞定位分析，我們發(fā)現(xiàn)該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)中相互作用蛋白定位在同一個(gè)亞細(xì)胞器中的趨勢(shì)顯著，比例達(dá)到了44.3％。通過對(duì)網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)進(jìn)行分析，我們揭示了該預(yù)測(cè)網(wǎng)絡(luò)在拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)上具有顯著的無尺度網(wǎng)絡(luò)屬性和小世界網(wǎng)絡(luò)屬性，并進(jìn)一步與酵母、人類、擬南芥等模式生物