生物信息學(xué)方法研究蛋白質(zhì)相互作用.pdf

1、隨著人類基因組測(cè)序工作的完成,功能基因組的全面展開,后基因組的時(shí)代已經(jīng)到來。而闡明基因組所表達(dá)的真正執(zhí)行生命活動(dòng)的全部蛋白質(zhì)的表達(dá)規(guī)律和生物功能,即蛋白質(zhì)組的研究,成為我們研究的重要目標(biāo),因?yàn)榈鞍踪|(zhì)才是生命活動(dòng)的真正執(zhí)行者。蛋白質(zhì)控制和調(diào)節(jié)細(xì)胞中的諸多功能,而從基因組編碼蛋白的相互作用水平詮釋基因組功能,是后基因組時(shí)代的一個(gè)重要任務(wù)。生物信息學(xué)的概念自上個(gè)世紀(jì)末被提出來后,隨著實(shí)驗(yàn)科學(xué)技術(shù)的進(jìn)步和互聯(lián)網(wǎng)的發(fā)展,生物信息學(xué)成了當(dāng)代生物研究

2、中不可或缺的一個(gè)環(huán)節(jié),利用生物信息方法開發(fā)的軟件和和數(shù)據(jù)庫資源成了當(dāng)代生物學(xué)家進(jìn)行科學(xué)研究時(shí)不可缺少的部分。而進(jìn)行規(guī)?；?yàn)證蛋白質(zhì)之間的相互作用,是后基因組時(shí)代生物信息學(xué)需要解決的一個(gè)重要課題,一個(gè)完全自動(dòng)并且可靠的蛋白相互作用預(yù)測(cè)系統(tǒng)需要被建立。本文介紹了目前計(jì)算方法在蛋白質(zhì)相互作用研究中的研究現(xiàn)狀;總結(jié)歸納了機(jī)器學(xué)習(xí)方法在目前生物信息學(xué)的應(yīng)用,并對(duì)支撐向量機(jī)(SVM)算法的基本原理做了闡述;在此基礎(chǔ)上我們開發(fā)了一種基于支撐向量機(jī)算法

3、的蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)方法,該方法從蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)出發(fā),根據(jù)蛋白質(zhì)序列信息構(gòu)造特征向量,用支撐向量機(jī)算法對(duì)特征向量進(jìn)行分類,預(yù)測(cè)兩個(gè)蛋白質(zhì)的相互作用。交叉驗(yàn)證測(cè)試的結(jié)果表明,我們的方法在酵母基因組中預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確率、精確度、敏感性及相關(guān)系數(shù)分別達(dá)到:72.46％、70.00%、78.64%及0.45。最后對(duì)我們方法的適用性和特點(diǎn)做了相關(guān)的探討,對(duì)該預(yù)測(cè)系統(tǒng)的進(jìn)一步開發(fā)做了些討論。研究表明,本文方法不僅是對(duì)現(xiàn)存的“濕”的實(shí)驗(yàn)方法的一種補(bǔ)充,而