pubmed生物醫(yī)學信息資源及其檢索ppt

1、Internet 生物醫(yī)學信息資源及其檢索,主要內(nèi)容,1.生物醫(yī)學數(shù)據(jù)庫:Pubmed 2.搜索引擎:google,1. PubMed主要內(nèi)容,1.1 PubMed概況 1.2 PubMed數(shù)據(jù)來源1.3 PubMed檢索機制1.4 PubMed檢索運算符1.5 PubMed檢索方法1.6 結(jié)果的顯示、保存1.7 其他輔助功能,1. 1 PubMed概況,創(chuàng)建機構(gòu)：美國國家醫(yī)學圖書館下設(shè)的美國生物

2、技術(shù)信息中心(NCBI)1997年6月開始向全球開放特色：具有收錄范圍廣、內(nèi)容全、檢索途徑多、檢索體系完備等特點，部分文獻還可在網(wǎng)上直接免費獲得全文。與Medline光盤數(shù)據(jù)庫的區(qū)別：檢索機制、檢索界面、檢索方法以及收錄文獻數(shù)量不同。,1.2 PubMed數(shù)據(jù)來源,MEDLINE： [pubmed-indexed for medline]In Process Citations：每天收錄，尚未經(jīng)規(guī)范處理的數(shù)據(jù)。[pubmed

3、-in process]Publisher-Supplied Citations：由出版商提供的電子文獻，每條記錄標有[PubMed-as supplied by Publisher]。,自動轉(zhuǎn)換匹配功能(Automatic Term Mapping)對于輸入的檢索詞，PubMed先按一定的詞表順序進行對照匹配和轉(zhuǎn)換，再進行檢索。詞表匹配轉(zhuǎn)換順序是：MeSH表(MeSH Translation Table)、期刊刊名表(Journa

4、l Translation Table)、短語表(Phrase list)、作者索引(Author Index)。如果在以上4個表中都找不到相匹配的詞，PubMed將把短語分開，以單詞為單位，分別重復以上的過程，檢索時各個詞之間是AND邏輯關(guān)系。如果仍找不到相匹配的詞，則用單個詞在所有字段查找，各個詞之間也是AND邏輯關(guān)系。,1.3 PubMed檢索機制,短語檢索(Phrase Searching)也可稱為強迫詞組檢索，即，如果要將短

5、語作為一個詞組進行檢索，可用雙引號“ ”將其引起來。如：“drug therapy”作為詞組進行檢索的詞，系統(tǒng)不進行自動轉(zhuǎn)換匹配，也不進行MeSH詞的擴檢。,1.3 PubMed檢索機制,1.4 PubMed檢索運算符,邏輯運算符：邏輯與：AND，邏輯或：OR，邏輯非：NOT。當一個檢索表達式中同時含有三個運算符時，運算順序從左至右，括號可以改變運算順序。截詞符：*，一個詞或字拼寫出部分字母后面加上一個截詞符，chem*表示用詞根

6、進行檢索。雙引號：“ ”，表示對引號中的短語進行檢索。檢索字段標識符：[tag]，tag為字段名稱。 [ti]，[au]，[ta]， [la]，[pt]。,常用字段組成,標識符 字段名稱 中文釋義TI Title 題目AU Author

7、 作者AD Affiliation 作者單位AB Abstract 文摘DP Publication Date 出版日期TA Journal Title Abbreviation 刊名縮寫MH

8、 MeSH Terms 主題詞PT Publication Type 出版類型,IP地址：http://pubmed.gov,PubMed 網(wǎng)址,,高級檢索,主題檢索,期刊檢索,文獻匹配,臨床咨詢,特定主題咨詢,1.5 PubMed檢索方法,1.5.1 基本檢索1.5.2 高級檢索1.5.3 主題檢索1.5.4 其他輔助檢索,1.5.1

9、 基本檢索,,默認檢索字段為主題、作者、期刊,關(guān)鍵詞、詞(詞組)或短語： ⑴ 輸入任意關(guān)鍵詞：liver cancer、Lung cancer； ⑵ 帶有雙引號” ”作為短語檢索：”cancer therapy”； ⑶ 帶有連接號”-”作為一個詞組檢索：interleukin-6。限制檢索字段：如liver cancer[ti]作者：Smith J 、 Smith[au]2002年以后的文獻如果作者有

10、全稱，可用全稱,1.5.1 基本檢索,期刊刊名： ⑴可用期刊全稱：GENE THERAPY[TA]； ⑵可用期刊簡稱：JAMA[TA]；(The Journal of the American Medical Association) ⑶刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉： 如J HAND SURG[AM] 輸入時要寫成J HAND SURG AM 截詞：chemo*復雜表達式：liver c

11、ancer AND therapy帶有摘要文獻的檢索 ：liver cancer AND hasabstract,1.5.1 基本檢索,分析該檢索課題，包含兩個方面： 肝癌：liver cancer；治療：therapy兩個主題之間的邏輯關(guān)系是AND，即liver cancer AND therapy,基本檢索舉例1：肝癌的治療,分析該檢索課題，包含兩個方面： 作者為：馬大龍（ma dl）；作者單位為： 北

12、京大學（peking university[ad]）。,基本檢索舉例2：北京大學醫(yī)學部馬大龍教授發(fā)表的文獻,我們分別得到了兩個檢索結(jié)果：作者為：馬大龍（ma dl）的檢索結(jié)果；作者單位為：北京大學（peking university[ad]）的檢索結(jié)果。 現(xiàn)在我們要利用檢索史把這兩個檢索結(jié)果用AND組合起來。,基本檢索舉例2：北京大學醫(yī)學部馬大龍教授發(fā)表的文獻,,1.5.2 高級檢索,,,,,,限制檢索或條件檢索：Limit

13、 (1) 全文、摘要　 (2)動物、人類 (3)文獻類型： (4)語種： (5)數(shù)據(jù)庫子集的限定： (6)年齡組：,分析該課題，可知：主題為肝癌治療，即liver cancer and therapy限制條件有兩個：語種為英文（English）；文獻類型為綜述（Review）,高級檢索舉例：原文為英文的肝癌治療方面的綜述文獻,1.5.3 主題檢索,根據(jù)medline數(shù)據(jù)主題標引的規(guī)范性，利

14、用主題詞進行的研究，對提高查全率、查準率會有相當?shù)膸椭?點擊MeSH Database打開主題檢索界面,,1.5.3 主題檢索,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,分析該檢索課題，有兩個概念：長春新堿（Vincristine ） 、白血病（leukemia）：對長春新堿來說是利用其治療疾病，故其應組配副主題詞“治療應用（therapeutic use）”；對白血病來說是利用藥物

15、來治療，故其應組配副主題詞“藥物療法（drug therapy）”。同時這兩個概念之間是AND的關(guān)系。,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemi

16、a）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,副主題詞,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第1步：檢索長春新堿/治療應用,主

17、題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eu

18、kemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,,,第2步：檢索白血病/藥物療法,,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血病（leukemia）的文獻,,第2步：檢索白血病/藥物療法,我們通過兩個主題檢索分別得到了：“長春新堿/治療應用” 的檢索結(jié)果“白血病/藥物療法” 的檢索結(jié)果下面我們要把這兩個檢索結(jié)果用AN

19、D組合起來，就需要用到檢索史,主題檢索舉例：長春新堿（Vincristine ）治療白血?。╨eukemia）的文獻,1.5.5.1 文獻匹配器1.5.5.2 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,1.5.4 其他輔助檢索,1.5.4.1 文獻匹配器,系統(tǒng)提供有兩種用來查找特定文獻的方式：單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）和多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）。如果要查找某一篇文獻，點擊單篇引

20、文匹配器，輸入刊名、日期、卷、期、頁碼、作者、題目中的一項或多項內(nèi)容進行檢索，系統(tǒng)返回文獻記錄結(jié)果。如果要同時查找多篇文獻，則點擊多篇引文匹配器，然后在輸入框內(nèi)分行輸入每篇文獻的查詢項目。其中刊名為必需項，其他項目沒有時可省略。,,單篇文獻匹配器（Single Citation Matcher）,多篇文獻匹配器（Batch Citation Matcher）,,輸入格式,1.5.4.2 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,可以使用戶方便快捷地檢索到有關(guān)

21、臨床方面的文獻，如臨床疾病的診斷、治療、病因和預后等；也可以用它來檢索臨床實踐過程中遇到的一些具體問題，如系統(tǒng)性綜述、元分析、臨床試驗、循證醫(yī)學、實踐指導以及有關(guān)遺傳學方面的問題等。,,1.5.4.2 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,臨床咨詢,1.5.4.2 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,系統(tǒng)評價,1.5.4.2 臨床咨詢和系統(tǒng)評價,檢索醫(yī)學遺傳學研究方面的文獻,1.6 結(jié)果的顯示、保存,顯示保存,1.6.1 結(jié)果的顯示,顯示格式：系統(tǒng)提供的顯示格式很多

22、，一般較常用的有以下3種：（1）Summary：為默認顯示格式。顯示的信息包括文獻的標題、著者、出處、PMID、綜述出版類型、非英文文獻的原文語種等。（2）Abstract：顯示信息除了文獻標題、著者、出處等基本信息外，還包括摘要信息，以便用戶了解文獻詳細內(nèi)容。,（3）MEDLINE：以MEDLINE數(shù)據(jù)庫的記錄格式來顯示檢索結(jié)果。字段內(nèi)容主要包括PMID、題目、摘要、作者、作者地址、語種、出版類型、出處、MeSH、文獻ID、出版狀

23、態(tài)等。,1.6.1 結(jié)果的顯示,1.6.1 結(jié)果的顯示,,保存記錄在“send to”下拉菜單中選擇“File”，可完成將記錄保存為文件。選擇“E-mail”，則可將結(jié)果發(fā)送至郵箱。在檢索結(jié)果顯示頁面可將某一次檢索的全部記錄或標記記錄保存；而“Clipboard”頁面可用于保存一次或多次檢索的結(jié)果記錄。,1.6.2 檢索結(jié)果的保存,1.6.2 檢索結(jié)果的保存,,1.7 其他輔助功能,1.7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用1.7.2 全

24、文鏈接1.7.3 相關(guān)文獻鏈接,1.7.1 檢索策略的存儲和調(diào)用,使用My NCBI(Cubby)首先要登記注冊保存檢索策略定期瀏覽新的檢索結(jié)果,1.7.2 全文鏈接,,,1.7.2 全文鏈接,,1.7.3 相關(guān)文獻鏈接,,,1.7.3 相關(guān)文獻鏈接,,2. Google主要內(nèi)容,2.1 Google概況2.2 Google檢索語法 2.3 Google一般檢索功能2.4 Google scholar,2.1 Google

25、概況,1998年由美國斯坦福大學的兩位博士生Larry Page 和Sergey Brin創(chuàng)立；Google由英文單詞“googol”變化而來，表示“1”后面帶有100個0的數(shù)字。搜索結(jié)果排序的核心技術(shù)是網(wǎng)頁級別PageRankTM技術(shù)：根據(jù)網(wǎng)頁被鏈接的次數(shù)來評定某一網(wǎng)頁的重要性，決定排名次序；不僅可以搜索純文本文件，還能查找ＰＤＦ、ＤＯＣ等文件格式，同時開發(fā)了圖像檢索功能。,,2.2 Google檢索語法,基本檢索語法高級檢

26、索語法,基本檢索語法,Google 搜索不區(qū)分英文字母大小寫，所有的字母均當做小寫處理；支持“*”：　如：“肝*瘤”詞組搜索：用引號自動"and"查詢邏輯“或”的關(guān)系用“+”連接邏輯“非”的關(guān)系用“-”連接,高級檢索語法,intitle: 限制你搜索的網(wǎng)頁標題； intitle:"george bush" inurl: 用于搜索網(wǎng)頁上包含的URL， 這個語法對尋找網(wǎng)頁上的搜索,幫助

27、之類的很有用。 inurl:help intext: 只搜索網(wǎng)頁部分中包含的文字(也就是忽略了標題、URL等的文字)。intext:"yahoo.com" intext:html,高級檢索語法,site: 可以限制你搜索范圍的域名。site:loc.gov link: 可以得到一個所有包含了某個指定URL的頁面列表. 例如link:www.google.com 就可以得到所有連接到Google的頁面

28、。filetype: 搜索文件的后綴或者擴展名,注意filetype:htm和filetype:html會得到不同的結(jié)果。你也可以搜索各種不同的頁面腳本語言,比如ASP, PHP, CGI等；Google對部分Microsoft的文檔也做了索引, 比如PowerPoint (PPT), Excel (XLS), and Word (DOC)等等，以pdf、swf文檔（flash動畫）等。 　　"leading econ

29、omic indicators" filetype:ppt　　"leading economic indicators" filetype:pdf,高級檢索語法,related: 搜索和指定頁面相關(guān)的頁面，　比如你搜索related:google.com , 會得到很多搜索引擎，如HotBot、Yahoo!、 Northern Light等。 related:www.yahoo.com info:

30、 提供一個和指定URL更多信息的頁面列表，包括URL緩存的連接、URL的連接，和URL相關(guān)的連接、URL的頁面?！∽⒁猓哼@里搜索的結(jié)果取決于Google是否對該URL進行了索引，如果沒有的話, 搜索結(jié)果將會少很多。info:www.oreilly.com info:www.nytimes.com/technology phonebook: 用于查詢電話號碼。phonebook:John Doe CA phonebook:(

31、510) 555-1212,2.3 Google一般檢索功能,,,,2.4 Google scholar,,Google 學術(shù)搜索,Google 學術(shù)搜索可以從一個位置搜索眾多學科和資料來源：來自學術(shù)著作出版商、專業(yè)性社團、預印本、各大學及其他學術(shù)組織的經(jīng)同行評論的文章、論文、圖書、摘要和文章。Google 學術(shù)搜索可幫助在整個學術(shù)領(lǐng)域中確定相關(guān)性最強的研究。Google 學術(shù)搜索按相關(guān)性對搜索結(jié)果進行排序。最有價值的參考信息會顯示

32、在頁面頂部。Google 排名技術(shù)會考慮到每篇文章的完整文本、作者、刊登文章的出版物以及文章被其他學術(shù)文獻引用的頻率。,Google 學術(shù)搜索技巧,按作者搜索 輸入加引號的作者姓名："d knuth"。要增加結(jié)果的數(shù)量，請不要使用完整的名字，使用首字母即可。 作者： " knuth " 、作者： " d knuth " 或 作者： " donald e

33、knuth " 。按標題搜索 輸入加引號的論文標題："針刺鎮(zhèn)痛頻率特異性的進一步證明"。 Google 學術(shù)搜索會自動查找此論文以及提及此論文的其他論文。,Google 學術(shù)高級搜索,,檢索實例,王耀宏等.急性一氧化碳中毒對大鼠腦循環(huán)的影響.中國工業(yè)醫(yī)學雜志 2003.10.25; 16(5): 257-260,,,,,,綜合型搜索引擎,大部分搜索引擎既允許用戶按它們對WWW資源的分類一層一

34、層地瀏覽網(wǎng)上信息，還允許用戶輸入任意檢索詞檢索網(wǎng)站及文獻，所以這些搜索引擎兼?zhèn)鋵Ш胶蜋z索的雙重功能。1. google (http://www.google.com) 2. baidu (http://www. baidu.com) 3. Yahoo (http://www.yahoo.com)4. scirus

35、 (http://www. scirus.com)5. Alta Vista　　 (http://www.altavista.com)6. InfoSeek　 (http://www.go.com)7. Excite　　 (http://www.excite.com)8. Lycos　 (http

36、://www.lycos.com) 9. Webcrawler　　 (http://webcrawler.com) 10. 搜狐(SOHU)　　 (http://www.sohu.com.cn)11. 天網(wǎng)(WebGather)　(http://e.pku.edu.cn)12. 網(wǎng)絡(luò)指南針　　 (http://compass.net.edu.cn:8010/),,醫(yī)學主題引擎(信息門戶),Internet上除

37、提供大量的一般主題指南和搜索引擎外，還有許多站點專門提供醫(yī)學主題指南和搜索引擎。當然，一般主題指南和引擎也可用于檢索或瀏覽Internet上的醫(yī)學信息資源的站點。1.MedSite　 (http://www.medsite.com)2.MEDguide　 (http://www.medguide.net)3.HealthWeb　

38、 (http://healthweb.org)4.HealthAtoZ　 (http://www.healthatoz.com)5.MedExplorer　 　 (http://www.medexplorer.com)6.MedWeb　 (http://www.medweb.emory.edu)7.Med Engine　

39、 (http://www.themedengine.com/)8.Medical Matrix　 (http://www.medmatrix.org)9.Biomednet　　 (http://www.bmn.com/)10.Cliniweb International　 (http://www.ohsu.edu/cliniweb)11.Medwebplu