體外核酸診斷試劑盒引物探針研發(fā)基本流程

1、體外核酸診斷試劑盒引物探針研發(fā)的基本流程,在我國內(nèi)地主要流行A、B、C、D 4 種HBV 基因型, 所占比例分別為1. 2 %、39. 3 %、50. 2 %、8. 1 % ,并且各地區(qū)流行的基因型也存在較大差異,北方地區(qū)以C 型為主,約占81. 6 %;南方地區(qū)則以B 型為主,C 型也占相當(dāng)比例（馮琴,楊桂英,朱善軍等.乙型肝炎病毒基因分型的研究進(jìn)展[J].醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)與臨床,2011,22(2):77,56.,HBV流行病學(xué)調(diào)查：確定需

2、要檢測的分型以及靶序列,,地區(qū)分型特點(diǎn),分子生物學(xué)特征,Genes S, C, and P,region X, the precore region, and the pre-S2/pre-Sl regions were ranked in order of increasing variability.（Lauder I J, Lin H J, Lau J Y, et al. The variability of the hepati

3、tis B virus genome: statistical analysis and biological implications[J]. Molecular biology and evolution, 1993, 10(2): 457-470. .,臨床病理學(xué),B 基因型的治療反應(yīng)、耐藥發(fā)生率均優(yōu)于C 型,HBV YMDD 突變株( YIDD/ YVDD) 多發(fā)生于基因型C和D（謝南, 朱小誠. 90 例 HBV 基因型與拉米

4、夫定療效的研究[J]. 實(shí)用臨床醫(yī)學(xué), 2003, 4(4): 5-8. ）,地區(qū)分型特點(diǎn) 文獻(xiàn)資料的檢索,,,,分子生物學(xué)特征文獻(xiàn)資料的檢索,,臨床病理學(xué)文獻(xiàn)檢索,病原體代表株系的全基因組序列比較,,,,,,,,HBV（A,B,C,D）分型代表株系的全基因組序列比較,F,P,R,Primer Premier 5評分（發(fā)夾，二聚體）,Oligo6評價(jià) 上游引物 vs 下游引物 探針

5、VS 下游引物,HBV基因組錯(cuò)配評價(jià),空間結(jié)構(gòu),DNA folding form | mfold.rit.albany.eduhttp://mfold.rna.albany.edu/?q=mfold/dna-folding-form,HBV引物在種內(nèi)中間（針對中國地區(qū)以及其他地區(qū)ABCD代表分型）特異性評價(jià),F P R,F

6、 P R,,,,NCBI Pick primer 程序?qū)σ? 在種內(nèi)交叉反應(yīng)評價(jià),,,…………..,,Hepatitis B virus,,NCBI Pick primer 程序?qū)σ镆约疤结樤诜N間特異性的評價(jià),HBV-E,F,G,H基因組檢測特異性評價(jià),F P

7、 R,引物整體評價(jià) 優(yōu)點(diǎn)： 1 序列上特異較高 2 探針引物總體評分較高 3 在自身基因組中不存在錯(cuò)配，在臨床類似病原體中不存在 顯著的交叉反應(yīng) 缺點(diǎn)： 1 探針自身二聚體較嚴(yán)重 2 對于C型耐藥突變株，重組型HBV樣本的檢測能力差