非培養(yǎng)方法研究邯邢鐵礦礦區(qū)放線菌多樣性.pdf

1、本實驗首次對邯邢鐵礦礦區(qū)7個采樣點3 類不同樣品宏基因組DNA 提取方法進行了探索，初步建立了鐵礦礦區(qū)不同樣品的宏基因組DNA 提取方法。結(jié)果表明：選礦水和礦坑水樣品中微生物含量太低，不宜過濾后直接提取，可采用不同濃度的改良M5’和鐵礦浸汁培養(yǎng)基增菌后混合提取宏基因組DNA；原礦和尾礦樣品含有大量的金屬離子，尤其是鐵離子較多，不但會影響溶菌酶的活性，還會影響后續(xù)的PCR擴增效率，在提取DNA 前需采用高濃度TE 處理去除金屬離子，以解除

2、其抑制作用，再采用SDS-高鹽法提取宏基因組DNA；選礦水沉積物樣品可采用差速沉降法預(yù)處理后直接提取宏基因組DNA。以上方法提取效果較好，所得DNA 能夠滿足PCR需要。
　　 采用23S rDNA 特異插入/缺失序列(Indel)PCR-TGGE和克隆文庫兩種非培養(yǎng)方法研究了邯邢鐵礦礦區(qū)樣品中放線菌的多樣性。通過TGGE分析結(jié)果表明邯邢鐵礦礦區(qū)樣品中放線菌類群比較少，僅有1~4個主要條帶，而通過克隆文庫技術(shù)得到的多樣性要高于這

3、個結(jié)果，PCR-TGGE法僅能檢測到樣品中的主要類群，對于豐度低的非主要類群檢測靈敏度不夠。不同樣品陽性克隆子的序列測定和多樣性分析表明：同一地點不同類樣品中的類群不完全相同，不同地點樣品中也存在相同的類群。大部分樣品中，主要類群和鏈霉菌屬(Streptomyces)成員同源性最高，還發(fā)現(xiàn)了一些其他的類群，分別和諾卡氏菌屬(Nocardia），類諾卡氏菌屬(Nocardioides），戈登氏菌屬（Gordonia）微桿菌屬(Microb