6-羥甲基-7，8-二氫喋呤磷酸化酶的分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)模擬研究.pdf

1、本論文主要圍繞HPPK酶及其復(fù)合物、突變體進(jìn)行了理論計(jì)算方面的研究，主要包括分子對(duì)接和動(dòng)力學(xué)模擬兩個(gè)部分；另外，對(duì)定量結(jié)構(gòu)-活性/性質(zhì)關(guān)系這一方法進(jìn)行了部分改進(jìn)。　　本論文從受體表面的表征方法(connolly、dms)、活性部位的大小來看對(duì)對(duì)接結(jié)果的影響，以HPPK和含有金屬離子Mg2+的HPPK為受體，底物HP的類似物為配體進(jìn)行了分子對(duì)接，同時(shí)并考慮了活性口袋的大小,使用connolly受體表面表征方法、加入金屬鎂離子參數(shù)等調(diào)整好

2、的參數(shù)文件基礎(chǔ)上進(jìn)行了MDL數(shù)據(jù)庫(kù)ACD3D子庫(kù)的對(duì)接。　　本論文探討了HPPK在溶液、加入行衡離子的水溶液環(huán)境下的動(dòng)力學(xué)行為，并加入在真空環(huán)境下的計(jì)算進(jìn)行對(duì)比，使用柔性分子對(duì)接和動(dòng)力學(xué)模擬方法對(duì)HPPK與底物HP、ATP的復(fù)合物結(jié)構(gòu)進(jìn)行了模建，同時(shí)考慮活性部位金屬鎂離子和配位水分子，共四個(gè)體系,對(duì)HPPK及其突變體進(jìn)行了動(dòng)力學(xué)模擬，對(duì)HPPK催化磷轉(zhuǎn)移的機(jī)理進(jìn)行了定性的探討，對(duì)磷轉(zhuǎn)移機(jī)理的進(jìn)一步深入研究提供了思路?！　”菊撐闹饕?/p>