HIV-1整合酶分子對(duì)接和分子動(dòng)力學(xué)模擬.pdf

1、HIV-1整合酶是艾滋病病毒復(fù)制過(guò)程中不可缺少的一種酶，所以整合酶是一個(gè)尋找治療HIV藥物的理想靶點(diǎn)。在所報(bào)道的整合酶抑制劑中，β-二酮酸類化合物作為一系列抑制性較好的配體分子，現(xiàn)在已經(jīng)有藥物進(jìn)入了臨床研究。本文根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道的7個(gè)對(duì)HIV-1整合酶的鏈轉(zhuǎn)移反應(yīng)有抑制性能的二酮酸類似物，用分子對(duì)接方法、分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬方法研究它們的結(jié)合模式、結(jié)合強(qiáng)度等。論文主要包含以下幾個(gè)方面的工作：
　　 用分子動(dòng)力學(xué)方法對(duì)兩個(gè)HIV-1

2、整合酶體系進(jìn)行溶液動(dòng)力學(xué)模擬，其中另一個(gè)不含金屬離子，而另一個(gè)含有Mg2+，得到了整合酶的合理構(gòu)型，通過(guò)對(duì)模擬軌跡的分析，闡明了Mg2+的存在對(duì)體系活性中心區(qū)域起著穩(wěn)定的作用。
　　 用分子對(duì)接方法研究二酮酸類似物與HIV-1整合酶的相互作用。研究發(fā)現(xiàn)，含Mg2+的整合酶體系比不含Mg2+的整合酶體系對(duì)接效果要好。對(duì)接性能較好的抑制劑有兩種結(jié)合模式，一種是以酮-烯醇式部分為結(jié)合位點(diǎn)與Mg2+發(fā)生螯合作用，另一種是以羧酸或者磺內(nèi)酰