基于SVM的蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測.pdf

1、隨著生物數(shù)據(jù)的大爆發(fā)，生物序列的數(shù)量在數(shù)據(jù)庫中呈指數(shù)形式增長。因此，從氨基酸序列中預(yù)測蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能，已經(jīng)成為一個重要的研究問題。直接通過實驗的方法確定蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)，相對比較低效。對蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和功能進(jìn)行預(yù)測已成為生物信息學(xué)中的一個常用方法。本文圍繞蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)編碼方式和支持向量機核函數(shù)等內(nèi)容，對蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測進(jìn)行了研究，具體的研究工作如下：
　　（1）給出了一種新的蛋白質(zhì)二級預(yù)測編碼方式。首先對氨基酸的理化特性進(jìn)行主

2、成分分析，提取出主要影響因素，融合成3位編碼。然后，在原有3位編碼基礎(chǔ)上加入3位氨基酸在特定二級結(jié)構(gòu)中的傾向因子。編碼完成后，使用支持向量機方法進(jìn)行預(yù)測。實驗結(jié)果表明，改進(jìn)后的編碼方式優(yōu)于單純做主成分分析得到的3位編碼和5位編碼方式，可以有效地用于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測。
　?。?）對于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的支持向量機算法，構(gòu)建出一種新的核函數(shù)來提高模型的魯棒性和泛化能力。通過廣義的拉蓋爾多項式衍生出三角拉蓋爾核函數(shù)，并比較三角拉蓋爾核