基因組全序列單核苷酸與二核苷酸組分的結構特征分析.pdf

1、本論文以已測序的375條原核生物部分真核生物的全基因組序列為分析材料，對其GC含量和二核苷酸頻率分布的基本狀況及其在基因組起源與進化方面的意義做了初步的分析和探討。我們的目的是，不采用比對和同源序列分析，而充分利用全基因組序列的信息完整性，來尋找序列間的進化信息，并作為系統(tǒng)發(fā)育建樹的基礎。 由于物種進化及自然選擇的作用，不同基因組對不同堿基的使用偏好不同。在長期的進化過程中，序列越短，其被改變的幾率也就越小，有可能在頻率等特性

2、方面存在著保守性。因此基因組中的核苷酸與寡聚核苷酸保留了大量的生物進化信息，這些信息可以作為系統(tǒng)發(fā)育分析的基礎。本實驗驗證了這種頻率保守的二核苷酸組合確實存在：AC、AG、CA、CT、GA、GT、TC、TG這8個組合在所有物種中顯示出保守的特性。此外，本文對原核生物基因組GC含量分布的基本狀況及其生物學意義進行了探討，并根據(jù)不同GC含量的基因組中A、T、G、c出現(xiàn)頻率的偏離，即AT偏離(ATskew)與GC偏離(GC skew)，來分析

3、產(chǎn)生二核苷酸頻率保守性差異的原因，發(fā)現(xiàn)二核苷酸的頻率分布與鏈對稱性之間存在一定的關系。另外，對原核和真核生物的編碼區(qū)及非編碼區(qū)的GC含量及二核苷酸頻率分布特征進行統(tǒng)計分析。結果顯示，編碼區(qū)的GC含量普遍比非編碼區(qū)的要高，這在真核生物中表現(xiàn)得更明顯；而從二核苷酸頻率上來說，在本論文分析的真核生物與原核生物之間卻沒有發(fā)現(xiàn)明顯的差異，甚至在原核生物和真核生物各自的編碼區(qū)與非編碼之間的頻率差異也不是很明顯。對于編碼區(qū)與非編碼區(qū)的這種組成特征的生