基因組全序列寡聚核苷酸頻率概形的研究.pdf

1、隨著基因組測(cè)序技術(shù)以及基因組學(xué)的飛速發(fā)展，使得越來(lái)越多物種的全基因組序列測(cè)序完成，在全基因組中尋找一些共性的基因特征和遺傳痕跡成為可能，由于自然選擇和物種進(jìn)化的作用，不同物種的基因組對(duì)堿基的偏好度不同，在長(zhǎng)期的進(jìn)化過(guò)程中，序列越短，在進(jìn)化過(guò)程中被改變的概率就越小，因此，基因組中的核苷酸和寡聚核苷酸保留了大量的生物信息。
　　 本文計(jì)算了已完成測(cè)序557個(gè)原核生物基因組的571條序列的GC含量和三核苷酸的出現(xiàn)頻率，根據(jù)物種的三核苷

2、酸頻率數(shù)據(jù)的相關(guān)性進(jìn)行聚類分析。根據(jù)聚類分析結(jié)果，試圖尋找在不同基因組中，三核苷酸頻率是否存在的某些特定的概形特征。
　　 結(jié)果表明，原核生物基因組全序列的三核苷酸頻率主要存在兩種主概形。低GC含量序列組成一個(gè)概形，高GC含量序列組成另一個(gè)概形。同時(shí)我們還對(duì)部分有代表性的線粒體、葉綠體、質(zhì)粒、噬菌體、病毒、真核生物進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)鏈對(duì)稱性好的線粒體、葉綠體、質(zhì)粒基因組的低GC含量序列和高GC含量序列分別存在兩個(gè)不同的概形，鏈對(duì)稱

3、性不好的噬菌體基因組序列不存在明顯的概形特征。為了進(jìn)一步探討原核生物基因組全序列的三核苷酸頻率概形和序列的GC含量及鏈對(duì)稱性的關(guān)系。我們對(duì)不同GC含量的隨機(jī)序列進(jìn)行了分析，發(fā)現(xiàn)鏈對(duì)稱性好的低GC含量隨機(jī)序列在和高GC含量隨機(jī)序列也分別存在兩個(gè)不同的概形，而且和原核生物基因組序列的兩個(gè)概形相似性很高。以上分析表明，原核生物基因組不同GC含量序列的兩個(gè)概形和GC含量以及鏈對(duì)稱有關(guān)。
　　 本文同時(shí)分析了571條原核生物基因組的單核苷