大豆脂肪酸代謝酶相關(guān)基因的單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、大豆是我國(guó)乃至世界上主要的油料作物，脂肪含量及組成是判定大豆品質(zhì)的主要指標(biāo)之一，因此對(duì)大豆脂肪酸代謝相關(guān)基因的研究具有重大意義。本文從Genbank( http://www.ncbi.ncbi.nlm.nih.gov)數(shù)據(jù)庫(kù)和大豆TI[GR Soybean GeneIndex(http://www.tigr，org)中查找大豆與脂肪酸代謝途徑酶相關(guān)的基因序列，之后利用GenBank的Blast功能將這些序列進(jìn)行同源性比對(duì)，篩選出了40個(gè)

2、單拷貝的、屬于核染色體基因組的、與脂肪酸代謝途徑酶相關(guān)的功能基因片段，其中23條為DNA序列，17條為cDNA序列，在國(guó)內(nèi)主要作圖群體親本科豐1號(hào)和南農(nóng)1138-2之間尋找SNPs，主要結(jié)果如下： (1)對(duì)這40個(gè)基因序列設(shè)計(jì)引物、PCR擴(kuò)增和測(cè)序分析，發(fā)現(xiàn)有23對(duì)(57.5％)引物測(cè)序峰圖清晰，其中10對(duì)(25％)引物發(fā)現(xiàn)了SNPs位點(diǎn)；其后將之前PCR擴(kuò)增不好或測(cè)序結(jié)果不好的15對(duì)引物和未發(fā)現(xiàn)SNPs位點(diǎn)的13對(duì)引物，在相應(yīng)

3、的基因片段的其它區(qū)域中重新設(shè)計(jì)28對(duì)引物，檢測(cè)發(fā)現(xiàn)15對(duì)(53.6％)引物所擴(kuò)增出的特異性片段測(cè)序峰圖清晰可靠，其中5對(duì)(17.8％)引物發(fā)現(xiàn)了SNPs位點(diǎn)，兩次實(shí)驗(yàn)發(fā)掘SNPs的效率沒(méi)有顯著區(qū)別。利用JGI新公布的大豆基因組序列將cDNA轉(zhuǎn)化為DNA序列后，第三次和第四次設(shè)計(jì)引物發(fā)掘SNPs的成功率分別達(dá)35％和50％。因此，采用DNA序列為模板，多次設(shè)計(jì)引物的方式可有效提高功能基因SNPs發(fā)掘的效率。 (2)在測(cè)序總長(zhǎng)為34

4、158bp的基因序列中，共發(fā)現(xiàn)了51個(gè)SNPs；其中編碼區(qū)含有13個(gè)SNPs，非編碼區(qū)含有38個(gè)SNPs，兩者的核苷酸多態(tài)性頻率分別為1.11SNP/kbp、1.69SNP/kbp；表明大豆脂肪酸代謝相關(guān)基因中非編碼區(qū)的核苷酸多態(tài)性高于編碼區(qū)。因此，在功能基因的非編碼區(qū)設(shè)計(jì)引物，可有效提高功能基因SNPs發(fā)掘的效率。 (3)發(fā)現(xiàn)的51個(gè)SNPs位點(diǎn)分布于27個(gè)基因之中，其中15個(gè)基因參與編碼脂肪酸代謝途徑中的關(guān)鍵酶，共有31個(gè)S