斯氏假單胞菌(Pseudomonas stutzeri)A1501的基因組學(xué)研究.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、斯氏假單胞菌A1501是我國科學(xué)家于1980年自稻田分離到的一種聯(lián)合固氮菌。該菌在微好氧狀態(tài)下具有明顯的固氮活性,而且固氮產(chǎn)物能夠迅速被水稻直接吸收利用。20多年來,我國科學(xué)家對該菌進行了系統(tǒng)的研究,在深入了解該菌固氮活性的基礎(chǔ)上,進行了菌種的改造開發(fā),以該菌為出發(fā)菌株的耐銨固氮工程菌是我國第一例進入商品化生產(chǎn)階段的植物用基因工程固氮菌?! 榱烁玫拈_發(fā)和利用該菌株,我們對該菌進行了基因組學(xué)研究,采用全基因組“shotgun”的方法

2、,并在實際造作中進行了技術(shù)改進。我們構(gòu)建了插入片段分別為2-4K(S文庫)和4-6K(L文庫)的基因組隨機文庫。對L文庫進行兩端測序,打造基因組的框架,對S文庫進行單向測序,填充框架內(nèi)信息。通過大規(guī)模、高通量的測序平臺,我們最終獲得了50408個有效reads,平均有效長度為609bp,總長度30.7M。經(jīng)過幾輪補GAP反應(yīng)、計算機拼接以及低質(zhì)量區(qū)域核實,最終得到A1501的基因組精確圖。  斯氏假單胞菌A1501的基因組全長4567

3、418bp,編碼4145個ORFs。與已經(jīng)完成基因組測定的三個假單胞菌P.aeruginosaPA01、P.putidaKT2440和P.syringaepv.tomatoDC3000相比,其基因組長度以及編碼ORFs的數(shù)量只是其他三株的73%左右,但是編碼區(qū)占基因組的比例相差不大。蛋白同源性比較表明,A1501菌的4145個ORFs中有2734個可以在PseudomonasputidaKT2440中找到對應(yīng)的同源蛋白;有2560個OR

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