基于噬菌體展示的構象性B細胞表位預測研究.pdf

1、在免疫學中,B細胞表位研究一直占有重要地位。但是確定B細胞表位的傳統(tǒng)手段已經不能滿足新時代的需求。在最近的幾十年,B細胞表位預測發(fā)展迅速。其中,基于噬菌體展示的構象性B細胞表位預測是結合噬菌體展示實驗的計算機預測過程。這類預測方法,需要具備以抗體為靶標的噬菌體展示實驗獲得的模擬肽數(shù)據(jù),以及相應抗原的三維結構,其基本思想就是利用模擬肽氨基酸殘基與抗原表位氨基酸殘基在組成及物理化學性質上的相似性,對抗原表位進行預測。
　　本研究基于氨

2、基酸的物理化學性質,提出了一種新的基于噬菌體展示的構象性B細胞表位預測算法,即MIMOX2。該算法將抗原表面劃分為若干個重疊的片區(qū)(patch),并評估模擬肽與片區(qū)的相似性從而對表位進行預測。將此算法已實現(xiàn)為網絡服務程序,網址如下:http://immunet.cn/mimox/cgi-bin/MIMOX2.pl。
　　針對目前該類方法標準評價體系缺乏的情況,本研究依托蛋白質三維結構數(shù)據(jù)庫PDB與當今世界最全面的噬菌體展示數(shù)據(jù)庫M

3、imoDB,在原有基礎上更新了標準測試集,命名為WXY數(shù)據(jù)集。WXY有70套測試數(shù)據(jù),分為抗原-抗體復合物、配體-受體復合物、其它蛋白質-蛋白質復合物、小分子-蛋白質復合物等四類。
　　基于WXY標準測試集,本研究以馬氏相關系數(shù)(MCC)、陽性預測值(PPV)、敏感度(Sen)、特異性(Spe)指標構建算法評價體系,對PepSurf、Mapitope、Pepitope以及MIMOX2進行了系統(tǒng)的測試,發(fā)現(xiàn)MIMOX2在一些測試例子