非特指型外周T細胞淋巴瘤microRNA表達檢測及靶基因預測分析.pdf

1、背景和目的：非特指型外周T細胞淋巴瘤(PTCL-NOS)是一組起源于胸腺后成熟的T細胞、具有高度侵襲性的惡性腫瘤;大部分發(fā)生于淋巴結(jié),在形態(tài)學、免疫表型、遺傳學和臨床等方面都存在一定的異質(zhì)性。目前,PTCL-NOS病因和發(fā)病機制不明,且其病理診斷和臨床治療都很困難。microRNA(miRNA)是一類長度為18-25個核苷酸的單鏈非編碼微小RNA,具有高度遺傳穩(wěn)定性,其主要通過與靶基因mRNA的3′非編碼區(qū)(3′UTR)結(jié)合使mRNA降

2、解或抑制其翻譯,從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控基因表達。近年來,已有研究報道m(xù)iRNA異常與淋巴造血系統(tǒng)腫瘤的發(fā)生、發(fā)展等密切相關(guān),使人們對淋巴造血系統(tǒng)腫瘤的發(fā)生機制、診斷、預后和治療有了新的認識。但非特指型外周T細胞淋巴瘤中miRNA研究鮮見報道。因此,本研究目的旨在分析PTCL-NOS腫瘤組織中miRNA的表達情況,探索其分子改變特征。
　　方法：
　　采用TaqMan MicroRNA Array(A+B)芯片檢測6例PTCL-

3、NOS和3例反應性淋巴組織增生石蠟包埋組織中miRNA表達情況,篩選差異表達miRNA,并應用實時定量逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈反應(qRT-PCR)對其中3種差異表達miRNA在28例PTCL-NOS中驗證表達譜結(jié)果;應用計算機預測算法預測差異表達miRNA靶基因;并進一步采用生物信息學方法分析靶基因所屬顯著信號傳導通路(Pathway)分類和顯著基因本體(Gene Ontology,GO)分類。
　　結(jié)果：
　　1.組織病理形態(tài)學特

4、點,28例PTCL-NOS標本,其中男性15例,女性13例;年齡12～80歲,中位年齡62歲;原發(fā)于淋巴結(jié)內(nèi)者21例,結(jié)外7例。淋巴組織反應性增生13例作為對照。HE染色切片中,28例PTCL-NOS主要形態(tài)學改變:腫瘤細胞呈彌散浸潤,淋巴結(jié)構(gòu)破壞;瘤細胞形態(tài)多樣,異型性明顯,多數(shù)細胞中至大淋巴樣細胞;核呈多形性、不規(guī)則,核仁明顯,染色質(zhì)多或泡狀,部分病例可見透明細胞和R-S樣細胞;伴有多形性炎性背景:混雜有小淋巴細胞、嗜酸性粒細胞、漿

5、細胞、大B細胞;腫瘤間質(zhì)血管增生明顯,主要為分支狀高內(nèi)皮小靜脈;免疫表型:28例PTCL-NOS的腫瘤細胞均不同程度表達CD3,Ki-67陽性率在10％～90%之間。
　　2.mircoRNA芯片分析和qRT-PCR驗證結(jié)果顯示:8種表達顯著差異的miRNAs,包括7種高表達(miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p)和1種低表達(miR

6、-182-5p);(P<0.01,FDR<0.05,除hsa-miR-886-5p(15)外)。選擇3種miRNA(miR-1291,miR-511,miR-572)作為對象,應用qRT-PCR進一步在28例PTCL-NOS腫瘤組織(包含用于芯片分析的6例)中驗證其表達量,結(jié)果這3種miRNA表達均上調(diào),其中miR-572上調(diào)具有統(tǒng)計學意義(P<0.05)。
　　3.生物信息學分析結(jié)果:miRanda軟件預測靶基因11265個,T

7、argetScan預測3272個;兩個軟件預測靶基因的交集基因1646個?；虮倔w(Gene Ontology,GO)分析和信號通路分析(Pathway-anlysis)結(jié)果提示基因功能顯著分布在63個功能區(qū)域,靶基因分布的顯著信號通路有61條,其中顯著GO分析提示靶基因功能主要富集在器官的發(fā)育、代謝過程,細胞分裂、分化、胞內(nèi)信號傳導、蛋白合成等功能上。Pathway顯著性分類提示:靶基因參與的顯著信號通路有絲裂原激活的蛋白激酶信號通路

8、(MAPK signaling pathway)、癌癥通路(cancer pathway)、Wnt信號通路、血管生長因子信號通路(VEGF signaling pathway)、轉(zhuǎn)化生長因子β信號通路(TGF-β signaling pathway)、細胞粘附分子(Cell adhesion molecules,CAMs)等。
　　結(jié)論：
　　1.本實驗采用石蠟包埋組織,對PTCL-NOS和炎性反應增生的淋巴結(jié)組織進行研究分

9、析顯示,與炎性反應增生的淋巴結(jié)組織相比,PTCL-NOS腫瘤組織中存在8個顯著差異表達的miRNAs,其中miR-886-3p,miR-511,miR-1291,miR-572,miR-27a-3p,miR-25-3p,miR-886-5p上調(diào)、miR-182-5p下調(diào)。該表達差異的miRNA可用于區(qū)分PTCL-NOS與反應性淋巴組織增生;這些miRNAs可能參與該腫瘤發(fā)生發(fā)展的分子調(diào)控,其意義有待于進一步探討。
　　2.生物信息