抗凍蛋白序列的模體分析與預測.pdf_第1頁
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文檔簡介

1、抗凍蛋白又稱熱滯蛋白、冰結合蛋白，是一種具有特殊生物功能的蛋白質。在溶液中它能夠吸附到冰晶表面，非依數性的降低溶液的冰晶生長點溫度，抑制冰晶的生長，而不影響冰晶的熔點溫度，產生熱滯現象。近些年越來越多的抗凍蛋白的氨基酸序列被測定出來，但是結構信息依然很少，抗凍蛋白與冰晶結合的作用機制仍然沒有搞清楚。利用信息學的方法，從抗凍蛋白的氨基酸序列入手，通過分析抗凍蛋白氨基酸序列組分信息和物理化學特性并尋找特殊序列模體，對于理解抗凍蛋白與冰晶的結

2、合機制是非常必要的。
　　本文從UniProt數據庫中下載得到了594個抗凍蛋白，并按照來源物種進行分類。利用MEME模體搜索工具，分別提取了不同種類抗凍蛋白序列的模體，得到幾個重要的模體，在這些模體序列中疏水氨基酸占很大的比重。
　　本文選取20種氨基酸組分、400種二肽組分、物理化學特征組分以及二肽組分作為支持向量機的參數，在Jackknife檢驗下，對抗凍蛋白進行預測。把這594個抗凍蛋白作為正集，把從PISCES軟件

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