蛋白序列分析模型在膜蛋白跨膜區(qū)預(yù)測(cè)中的應(yīng)用.pdf

1、隨著蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)的不斷增加，蛋白質(zhì)分析模型愈來愈顯得重要。蛋白質(zhì)序列圖形表示具有可視性、易于數(shù)值刻畫等優(yōu)點(diǎn)，在蛋白質(zhì)序列分析研究中越來越受到關(guān)注。本文基于氨基酸三種理化性質(zhì)給出一種新的無退化的三維蛋白序列圖形表示方法:Gs圖形表示法。利用Gs圖形表示法的數(shù)值刻畫，本文構(gòu)造了九個(gè)物種的ND5蛋白的進(jìn)化樹。通過與ClustalW的結(jié)果對(duì)比說明此方法是一種有效的蛋白質(zhì)序列比較方法。最后，用該方法分析和推測(cè)了H7N9病毒的進(jìn)化路徑。
　

2、　目前，由于試驗(yàn)中膜蛋白的晶體結(jié)構(gòu)難以獲得，因此膜蛋白空間結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)對(duì)膜蛋白功能的研究具有重要意義。本文首先利用主成分分析研究氨基酸理化性質(zhì)，將每個(gè)膜蛋白序列轉(zhuǎn)化為一個(gè)數(shù)值矩陣，利用奇異值分解方法將其進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為一個(gè)向量。利用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)提取膜蛋白序列跨膜區(qū)的數(shù)值特征，應(yīng)用支持向量機(jī)得到膜蛋白序列跨膜區(qū)的預(yù)測(cè)概率，最后結(jié)合跨膜區(qū)疏水性特征和等電點(diǎn)波動(dòng)規(guī)則建立預(yù)測(cè)模型。與Tmpred方法和ALOM方法的預(yù)測(cè)結(jié)果進(jìn)行比較，結(jié)果說明本文的方法