ChIA-pET數(shù)據(jù)分析及數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站構(gòu)建.pdf

1、染色質(zhì)遠(yuǎn)程交互在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要作用。2002年起，染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)(3C)及其衍生方法不斷發(fā)展，該方法用于揭示DNA與DNA之間的空間位置關(guān)系?；谂鋵δ┒藰?biāo)簽測序的染色質(zhì)交互分析技術(shù)(ChIA-PET)將3C與ChIP相結(jié)合，可用于描繪全基因范圍內(nèi)特定蛋白介導(dǎo)的染色質(zhì)交互圖譜。
　　ChIA-PET Tool為一個ChIA-PET數(shù)據(jù)處理的軟件，最初于2010年公開發(fā)表。在原版ChIA-PET Tool的基礎(chǔ)上，我們對C

2、hIA-PET數(shù)據(jù)處理流程進(jìn)行了升級和更新，完成了新的版本ChIA-PET Tool-v3.0。在基本框架結(jié)構(gòu)不變的前提下提升了性能，其中包括:1)更易安裝與使用，2）運行速度有所提升，3）對染色質(zhì)交互篩選的條件更加嚴(yán)格。同時，在ChIA-PET Tool-v3.0中，我們增加了新的功能，包括1）在程序運行的過程中生成了大量統(tǒng)計信息，幫助用戶評估數(shù)據(jù)質(zhì)量;2)新流程不僅可以處理雙端短讀長ChIA-PET數(shù)據(jù)，而且可以處理單端測序的短讀長

3、ChIA-PET數(shù)據(jù);3）對這一軟件進(jìn)行進(jìn)一步改進(jìn)，處理新發(fā)表的長讀長ChIA-PET數(shù)據(jù)。目前，此軟件存放在GitHub上(https://github.com/GuoliangLi-HZAU/ChIA-PET_Tool)。
　　我們使用此改進(jìn)版軟件處理了目前已發(fā)表的ChIA-PET數(shù)據(jù)，得到DNA與DNA間的交互數(shù)據(jù)，以及特定蛋白在染色體上的結(jié)合位置（峰值），并利用這些數(shù)據(jù)構(gòu)建了一個數(shù)據(jù)庫平臺。此數(shù)據(jù)庫包含除未得到交互的GSE

4、42237外的所有處理結(jié)果，總計64個文庫。該ChIA-PET數(shù)據(jù)庫平臺包括以下內(nèi)容:1）ChIA-PET染色質(zhì)遠(yuǎn)程交互數(shù)據(jù)及峰值數(shù)據(jù)存儲，2）處理后數(shù)據(jù)的基本信息統(tǒng)計，3)數(shù)據(jù)檢索并利用D3實現(xiàn)可視化，其中包括染色質(zhì)間的交互、交互網(wǎng)絡(luò)、基于兩點和單點的交互檢索，4）同時收集了ChIA-PET的相關(guān)文獻(xiàn)。
　　作者通過改進(jìn)ChIA-PET Tool及構(gòu)建ChIA-PET數(shù)據(jù)庫，為用戶對ChIA-PET實驗結(jié)果的處理和利用提供了方便