南非長角羚(Oryx gazella)和白長角羚(Oryx dammah)線粒體基因組研究及系統(tǒng)發(fā)育分析.pdf

1、線粒體基因組蘊含著巨大的分子遺傳信息,可以為種群遺傳結構分析及系統(tǒng)發(fā)育進化等研究提供重要的分子標記,對于線粒體基因組的研究還對瀕危野生動物的保育和引入策略提供了有力的分子遺傳學支持。
　　本文對南非長角羚和白長角羚的線粒體基因組進行了測序,與牛科其他動物線粒體基因組進行了比較研究,對?？频?0種動物進行了系統(tǒng)發(fā)育分析,并估算了這10種?？苿游锓N間的進化分歧時間。得到以下結果:
　　1.南非長角羚和白長角羚的線粒體基因組全序列

2、長度分別為16661bp和16756bp,包含22個tRNA基因、12S rRNA、16S rRNA基因、13個蛋白質編碼基因和非編碼控制區(qū)序列,線粒體基因組體現(xiàn)出堿基使用的A-T偏好性。蛋白質編碼基因中,除 ND2、ND3、ND5基因的起始密碼子為 ATA外,其余蛋白質編碼基因均以 ATG作為起始密碼子。在終止密碼子使用方面,大部分蛋白質編碼基因以 TAA作為終止密碼子,ND2基因的終止密碼子為 TAG,Cytb基因為 AGA,COX

3、III、ND3、ND4基因則為不完整的T或 TA。tRNA基因中,除 tRNA-Ser(AGY)缺少二氫尿嘧啶環(huán)外,其余 tRNA均能折疊成典型的三葉草型二級結構。控制區(qū)分為延長中止相關序列(ETAS)、中央保守序列(CD)和保守序列區(qū)(CSB),在 ETAS區(qū)中的RS2 region中檢測到了6個短重復序列 GYRCAT(Y=C/T, R=A/G)。中央保守序列(CD)的F box、E box、Dbox、C box、B box被識別出

4、。在保守序列區(qū)(CSB)區(qū),識別出了H鏈復制起始點(OH)、LSP、HSP、CSB1區(qū)域、CSB1-like區(qū)域、混合的CSB2+3區(qū)域,在 CSB1和CSB2區(qū)域之間沒有檢測到重復序列。以上特點均與?？浦薪壩锓N的線粒體基因組特點一致。
　　2.基于12S rRNA基因、16S rRNA基因和12個蛋白質編碼基因的聯(lián)合基因,分別使用鄰接法、最大簡約法、最大似然法和貝葉斯法構建了?？?0種動物的系統(tǒng)進化樹,探討了系統(tǒng)發(fā)育關系。南非

5、長角羚與白長角羚與狷羚亞科的白紋牛羚親緣關系最近,其次是羊亞科的3種動物,與牛亞科的4種動物親緣關系最遠。對于羊亞科3種動物的系統(tǒng)進化關系,四種構樹方法產生了分歧,本文做了比較研究。另外,對牛亞科的4種動物的系統(tǒng)進化關系的研究結果與其他學者的結果一致。
　　3.計算了?？?0種動物間的tRNA基因和rRNA基因的核苷酸替代率,并與蛋白質編碼基因的堿基同義替代率和非同義替代率進行了比較,然后以已公布的哺乳動物線粒體基因組各功能基因的

6、平均堿基替代率為分子鐘,基于 tRNA基因和rRNA基因的核苷酸替代率估算了10種?？苿游镩g的進化分歧時間。南非長角羚與白長角羚的進化分歧時間大約在3.35-6.03百萬年以前(MYBP),與白紋牛羚的進化分歧時間大約在9.49-12.12 MYBP,與山羊的進化分歧時間大約在8.96-12.65 MYBP,與綿羊的進化分歧時間大約在8.50-13.93 MYBP,與家牛的進化分歧時間大約在10.65-17.77 MYBP,與水牛的進化