南方白甲魚線粒體基因組序列測定分析及白甲魚屬系統(tǒng)發(fā)育研究.pdf

1、線粒體DNA（Mitochondrial DNA，mtDNA）是一種雙鏈閉合DNA分子，獨(dú)立于核基因組之外，存在于細(xì)胞質(zhì)中，因結(jié)構(gòu)簡單、容易分離和提取、編碼效率高、進(jìn)化速率快等特點，現(xiàn)已成為進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育分析最有效的分子標(biāo)記之一，并且廣泛應(yīng)用于魚類種群遺傳學(xué)研究。南方白甲魚（Onychostoma gerlachi）屬鯉科，鲃亞科，白甲魚屬，是一種廣泛分布于長江中上游水系的重要經(jīng)濟(jì)魚類。本研究通過參考南方白甲魚的近緣屬光唇魚屬的線粒體

2、基因組序列，根據(jù)引物設(shè)計原則共設(shè)計18對引物，進(jìn)行大量反應(yīng)條件優(yōu)化、設(shè)置溫度梯度進(jìn)行PCR，最終測定南方白甲魚線粒體基因組的全序列，并結(jié)合NCBI中已公布的9種白甲魚屬線粒體基因組、D-loop區(qū)域、Cytb及ND4基因序列，采用三種不同的系統(tǒng)重建方法構(gòu)建白甲魚屬的系統(tǒng)發(fā)育樹。
　　本研究主要內(nèi)容包括：⑴測定南方白甲魚線粒體基因組全長為16601 bp，其基因組成和排列順序與大多數(shù)魚類mtDNA一致，由37個編碼基因（13個蛋白編

3、碼基因、22個tRNA基因及2個rRNA基因）和2個非編碼區(qū)（D-loop及輕鏈復(fù)制起始區(qū)）組成。⑵南方白甲魚線粒體基因組具有A/T偏向性，全序列堿基組成為A31.38％、T24.24%、C28.29%、G16.09%，A+T含量為55.62%，呈現(xiàn)一定程度的A/T偏倚，且D-loop區(qū)域、tRNA基因、rRNA基因、蛋白質(zhì)編碼基因均為表現(xiàn)不同程度的A/T偏倚，其中D-loop區(qū)A+T%含量最高為67.45%。⑶南方白甲魚線粒體基因組1

4、3個蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子分為兩種：特殊密碼子GTG和常用密碼子ATG，只有少數(shù)以GTG起始。終止密碼子也分兩種：正常的完全終止密碼子TAA、TAG及缺少一個或者兩個堿基的不完全終止密碼子。⑷南方白甲魚線粒體基因組編碼的22個tRNA基因中，除了tRNASer(AGY)基因，其他21個tRNA基因均可形成典型的三葉草結(jié)構(gòu),且存在一定堿基錯配現(xiàn)象，以G-U錯配為主。⑸通過對4種不同基因或區(qū)域，采用3種不同的系統(tǒng)重建方法得到較一致的結(jié)論