羅非魚不同群體遺傳變異的微衛(wèi)星標記分析.pdf

1、本研究采集了來自淡水漁業(yè)研究中心的尼羅羅非魚埃及品系、88品系和奧利亞羅非魚，與來自廣西水產所的尼羅羅非魚、美國品系和奧利亞羅非魚共174個樣品的血樣，采用酚/氯仿法提取基因組DNA，利用微衛(wèi)星標記技術，分析了6個群體在25個微衛(wèi)星基因座的遺傳多樣性，探討了各群體內的遺傳變異和各群體間的遺傳關系，計算了等位基因頻率、群體雜合度（H）、有效等位基因數、多態(tài)信息含量、群體間的Nei’s標準遺傳距離（Ds）和DA遺傳距離等，并利用Ds遺傳距離

2、分別構建了6個羅非魚群體的系統(tǒng)聚類圖。研究結果如下：
　　 1.利用所選的25個微衛(wèi)星基因座對6個羅非魚群體的174個個體進行PCR擴增，得到特異性的擴增產物。共檢測到143個等位基因，平均每個基因座5.72個等位基因，最多為8個，最少為3個；有效等位基因數目總共為66.91，有效等位基因數小于實際觀察等位基因數，這是等位基因分布不均勻的結果。同時進行優(yōu)勢等位基因分析，結果表明：25個微衛(wèi)星基因座都有優(yōu)勢等位基因存在。
　

3、　 2.Hardy-Weinberg平衡檢驗結果表明：用基于馬可夫鏈模型的Hardy-Weinberg精確P值的無偏估測對各群體的多基因座檢測發(fā)現，6個羅非魚群體都處于遺傳平衡狀態(tài)；而對各基因座進行的多群體檢測發(fā)現，有4個基因座出現了顯著的遺傳不平衡性；單群體單基因座檢測發(fā)現，6個群體中有8.11％的基因座處于遺傳不平衡狀態(tài)。究其原因有隨機交配發(fā)生偏移、遺傳漂變及選擇等因素，其中選擇所造成的影響最大，其次為隨機交配發(fā)生的偏移以及遺傳漂

4、變。
　　 3.根據統(tǒng)計結果可知：25個微衛(wèi)星基因座大部分為高度多態(tài)性基因座，平均多態(tài)信息含量在0.404～0.6735之間，6個羅非魚群體具有的遺傳多樣性適中，各個群體的平均PIC值在0.4212～0.6105，尼羅羅非魚美國品系的PIC最高為0.6105，PIC最低的為中心奧利亞羅非魚群體。6個群體觀察雜合度變化范圍在0.7253～0.8160之間，期望雜合度變化范圍在0.5146～0.6834之間，雜合度較高，其中雜合度最

5、高的是廣西尼羅群體，中心奧利亞群體則為最低。
　　 4.用PopGene1.32軟件軟件分別計算了6個羅非魚群體之間的Nei’s標準遺傳距離和DA遺傳距離，并用MEGA3軟件對其進行聚類，結果表明：由Nei’s標準遺傳距離用鄰近結合法（NJ法）聚類所得的結果與各群體之間的歷史起源、選育方式、人工選擇強度等特征基本吻合。用Ds遺傳距離將6個群體分為兩類：Ⅰ類：尼羅羅非魚埃及品系、尼羅廣西群體、尼羅羅非魚美國品系和尼羅羅非魚88品系

6、聚為一類。在這四個群體中尼羅羅非魚埃及品系首先與尼羅廣西群體聚到一起，然后又和尼羅羅非魚美國品系相聚，最后尼羅羅非魚88品系與它們聚在一起。Ⅱ類：中心奧利亞羅非魚群體和廣西奧利亞羅非魚群體聚為一類。
　　 5.F-統(tǒng)計量分析表明：微衛(wèi)星基因座的雜合性基因多樣性的比率（FST）的變化范圍是從基因座UNH738的0.0779到基因座UNH183的0.3484，平均值為0.1937；基因流（Nm）在0.4675（基因座UNH183）和

7、1.8425（基因座UNH189）之間變動，平均值為1.0407。
　　 6.尼羅羅非魚埃及品系和尼羅廣西群體間的標準遺傳距離和分化指數分別為0.1913、0.0904，兩個奧利亞群體之間的標準遺傳距離和分化指數分別為0.0911、0.0599。通過分子方差分析，奧利亞羅非魚變異來源群體問所占的比例為6.82％，而尼羅羅非魚變異來源群體間所占的比例為13.08％。表明淡水漁業(yè)研究中心選育的“夏奧1號”奧利亞羅非魚適合其他地方養(yǎng)殖